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在保持組蛋白和DNA聯(lián)合的同時，染色質(zhì)被切成很小的片斷,，通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體,，將目標片段（組蛋白發(fā)生特異標記的片段）沉淀下來。ChIP是利用抗原和抗體的特異性結(jié)合以及細菌蛋白質(zhì)的“protein A”特異性地結(jié)合到免疫球蛋白的Fc片段的現(xiàn)象合用開發(fā)出來的方法（免疫磁珠結(jié)合proteinA,，proteinA結(jié)合抗體Fc段，抗體結(jié)合抗原即發(fā)生特異標記的組蛋白,，這里要注意組蛋白是和DNA結(jié)合的,，這樣就把目標組蛋白和DNA的復合體沉淀下來了）,。細胞實驗外包再將組蛋白與DNA分離，用獲得的DNA去做PCR分析和序列測定等檢測技術(shù),，從而進一步檢測哪些基因的組蛋白發(fā)生了修飾,。

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