轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學(xué)功能,，如細(xì)胞增殖,、細(xì)胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等,。近年來(lái)研究發(fā)現(xiàn),，環(huán)狀RNA可以通過(guò)海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過(guò)程中的DNA修復(fù),、凋亡,、增殖、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn),，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶,，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實(shí)通過(guò)干擾環(huán)狀RNA的表達(dá),，可以提高瘤對(duì)藥物的敏感性,，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào),。濟(jì)南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組費(fèi)用

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析,。一般來(lái)說(shuō)在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping,，差異基因表達(dá)分析,，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景,。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,，同一組織：研究基因在不同處理下,，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織,，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系,。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)：基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系,。基因分類(lèi)：找到細(xì)胞特異,，疾病相關(guān),，處理相關(guān)的基因表達(dá)模式，用于診斷疾病和預(yù)測(cè)等,?；蚓W(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能，基因間的相互作用,。山東mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類(lèi)具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒(méi)有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu),，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲(chǔ)存于外泌體中,，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解,，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1],。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu),。同時(shí)由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件（MREs）,，能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）的催化關(guān)鍵，然后導(dǎo)致circRNA降解,。根據(jù)來(lái)源,，circRNA可大致分為四類(lèi)：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,，由病毒RNA基因組、tRNA,、rRNA,、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。

單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類(lèi)型（解離,、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開(kāi)始,，然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列，量化,、質(zhì)量控制(QC)過(guò)濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化,，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析，例如聚類(lèi)分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類(lèi)型和亞群,，等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異（SNV,，用星號(hào)表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析,、剪接檢測(cè)或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜,，這些設(shè)計(jì)可能包括來(lái)自患病和未患病個(gè)體的樣本、在不同時(shí)間點(diǎn)（例如,，診療前和診療后）收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本,，或來(lái)自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征,，這些特征可能定義疾病中常見(jiàn)的干擾分子途徑,。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景。

什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué),？廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對(duì)象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學(xué)就稱為轉(zhuǎn)錄組學(xué)(tran—scriptomics),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。杭州靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析

普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的環(huán)境,、藥物,、病原菌等逆境脅迫處理。濟(jì)南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組費(fèi)用

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)有：1,、可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高,，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3,、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域;4,、檢測(cè)范圍廣,，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù),，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例,，加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù),，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。濟(jì)南全轉(zhuǎn)錄學(xué)組費(fèi)用

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