轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics）,，是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。優(yōu)勢：高通量,、更精確的數(shù)字信號(hào)；在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測,；分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí),，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因,。應(yīng)用方向：植物生長機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),；炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),；表達(dá)差異的研究,；基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：在早期,，由于測序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究,。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能,，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ),。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù),、大規(guī)模平行測序技術(shù),、RNA測序技術(shù)其中，Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來的先驅(qū)技術(shù),，SAGE,、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究有助于了解特定生命過程中相關(guān)基因的整體表達(dá)情況，進(jìn)而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡(luò)及其調(diào)控機(jī)理,。浙江全轉(zhuǎn)錄學(xué)組質(zhì)譜鑒定轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更高的檢測通量,。

全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制，因此在進(jìn)行測序之前,，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,，之后再通過與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本，這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例,，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異,。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1,、全方面鑒定可變剪切；2,、發(fā)現(xiàn)更多新基因,；3、有效改善基因組注釋,；4,、鑒定更多的LncRNA；5,、準(zhǔn)確定位融合基因,。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù)，因而其成本依然較高,，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長轉(zhuǎn)錄組,，通常來說很難承擔(dān)，因此,，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合,。

全轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫？全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個(gè)測序文庫,，一個(gè)小RNA文庫和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,，然后分別上機(jī)測序。小RNA長度較短,，一般小于50nt,，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,，通常在1000以上,，可達(dá)幾萬，通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫,。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序流程：1,、樣品RNA準(zhǔn)備。2,、測序文庫構(gòu)建,。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增,。4,、高通量測序(Illumina),。5、數(shù)據(jù)分析,。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1,、同一物種在發(fā)育過程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異；2,、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因,；3、不同的外界條件處理,，如細(xì)菌,、病毒、光照,、紫外,、干旱、高溫,、高鹽脅迫,，對(duì)基因表達(dá)的影響；4,、同一個(gè)體,，不同組織之間的基因表達(dá)差異,。簡而言之,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序樣品純度要求,，電泳檢測28S:18S至少大于1.8,。浙江SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況？貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué),，基因組學(xué),，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,，分為top-down和bottom-up分析方法,。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段,，在通過質(zhì)量反推蛋白序列,，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和,，可以用芯片，也可以用測序,。芯片是用已知的基因探針,，測序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA,。基因組學(xué)研究的主要是基因組DNA,，使用方法目前以二代測序?yàn)橹?，將基因組拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步,，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作,。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

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