circRNA轉錄組學:是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子,,沒有5′帽子結構和3′poly(A)結構,主要位于細胞質(zhì)或儲存于外泌體中,,不受RNA外切酶影響,,表達更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1],。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,,也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件(MREs),,能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體(RISC)的催化關鍵,,然后導致circRNA降解。根據(jù)來源,,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,,內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,,由病毒RNA基因組,、tRNA,、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA,。轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,。貴陽轉錄組學分析鑒定
轉錄組學技術:轉錄組學(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科,。簡而言之,,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和,,是研究細胞表型和功能的一個重要手段,。優(yōu)勢:高通量、更精確的數(shù)字信號,;在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,;分析轉錄本的結構和表達水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉錄本和稀有轉錄本,;準確地識別可變剪切和融合基因,。應用方向:植物生長機制的發(fā)現(xiàn)及干預;炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預,;表達差異的研究,;基因點突變及多態(tài)性檢測,。上海單細胞轉錄組學服務轉錄組學測序樣品純度要求,,OD值應在1.8至2.2之間。
轉錄組學(Transcriptome)廣義上指某一生理條件下,,細胞內(nèi)所有轉錄產(chǎn)物的匯合,,包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA),、轉運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA),;狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組具有很強的時間和空間特性,,是基因功能及結構研究的基礎和出發(fā)點,,掌握了生物個體基因轉錄水平的變化,可深入了解其生命活動特征和調(diào)控機制,。通過新一代高通量測序,,能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本的基因序列信息。
RNA-Seq,,是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集,,然后反轉錄為cDNA后進行的新一代高通量測序,在此基礎上進行片段的拼接組裝,,從而可得到一個個的轉錄本,,進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解,。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉錄組進行比較分析,則可以在轉錄層面得到基因表達水平的變化,,針對關鍵基因則可以進行代謝通路(Pathway)的構建,。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA,。轉錄組學能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本,。
全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫?全轉錄組測序需要構建2個測序文庫,,一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,,然后分別上機測序。小RNA長度較短,,一般小于50nt,,采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,,通常在1000以上,,可達幾萬,通過片段化構建150PE測序文庫,。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息,。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學無需預先設計特異性探針,。廣東轉錄組學領域
轉錄組學可以準確地識別可變剪切和融合基因,。貴陽轉錄組學分析鑒定
轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA,。轉錄組學(transcriptomics),,是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科。簡而言之,,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況,。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段,。轉錄組學(transcriptomics),,是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科。簡而言之,,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況,。貴陽轉錄組學分析鑒定
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