蛋白質(zhì)組學在醫(yī)學的研究應用:蛋白質(zhì)組學(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成,、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學,,包括對蛋白質(zhì)表達模式和蛋白質(zhì)組功能模式的研究。蛋白質(zhì)組學的發(fā)展對尋找疾病的診斷標志,、篩選藥物靶點、毒理學研究等有重要意義,,也因此被普遍應用于醫(yī)學研究。蛋白質(zhì)組學研究,,總體可分為一下幾個步驟:(1)差異篩選(Discovery)(2)初步驗證(Verification)(3)然后確診(Validation)?;谫|(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學是目前比較主流的高通量蛋白質(zhì)研究手段,當前在醫(yī)療健康方面的應用主要集中于基礎研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學,。蛋白質(zhì)組學的研究主要促進分子醫(yī)學的發(fā)展。廣東PRM定量蛋白質(zhì)組學應用
蛋白組學樣本寄送前是否需要精確計數(shù)或是稱量,?不同樣本寄送會有不同的送樣要求,按照收集方法提供可以保證實驗用量充足,。不需要精確計數(shù)或是稱量,項目開展前會進行蛋白濃度的測定,,后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理,、上機檢測,,但是要保證每個樣本的寄樣量達到實驗要求,。常規(guī)定量蛋白組實驗的主要步驟有哪些,,數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含哪些?實驗步驟:首先獲得生物學樣本,,然后進行蛋白提取,定量,,SDS-PAGE跑膠質(zhì)控,還原烷基化,,酶解,,獲得肽段,(標記+分組分),,上機檢測,,搜庫軟件搜庫,數(shù)據(jù)分析,;數(shù)據(jù)分析:主要分為基礎數(shù)據(jù)分析,、?級數(shù)據(jù)分析和個性化數(shù)據(jù)分析三個部分?;A分析主要包括差異表達蛋白篩選,、層次聚類分析分析、COG注釋分析、亞細胞定位分析,、GO注釋富集分析,、KEGG注釋分析、PPI分析等,。湖北TMT/iTRAQ標記定量蛋白質(zhì)組學價格蛋白質(zhì)組意指“一種基因組所表達的全套蛋白質(zhì)”,,即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。
蛋白質(zhì)組學:質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)組學的基本原理主要是通過測定被測樣品離子的理化性質(zhì)來進行分析,,根據(jù)樣品的質(zhì)量譜圖和相關信息從而得到定性和定量結果,。目前,蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜分析一般是根據(jù)保留時間(retentiontime),、質(zhì)荷比(m/z),、離子強度(intensity)這三個維度對肽蛋白質(zhì)進行鑒定和定量,,即3D蛋白質(zhì)組學,。4D蛋白質(zhì)組學在3D蛋白質(zhì)組學的基礎之上增加了第四維度,離子淌度(mobility),,主要根據(jù)離子的形狀和截面對離子進行分離,,能夠區(qū)分m/z差值非常小的肽段,使低豐度蛋白信號能夠被區(qū)分和識別出來,。4D蛋白質(zhì)組學基于timsTOFPro質(zhì)譜儀,,結合PASEF(ParallelAccumulationSerialFragmentation,同步累積連續(xù)碎裂)與TIMS(TrappedIonMobilitySpectrometry,,離子遷移譜),,可重復測量所有檢測離子的碰撞截面(CCS),能更快,、更靈敏的進行蛋白質(zhì)組定性和定量,。
定量蛋白質(zhì)組學分析(QuantitativeProteomics)是對一個基因組表達的全部蛋白質(zhì)或一個復雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進行精確鑒定和定量??捎糜诤Y選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達蛋白,,結合生物信息學揭示細胞生理病理等功能,同時也可對某些關鍵蛋白進行定性和定量分析,。目前定量蛋白質(zhì)組學技術常見標記(Label)和非標記的(LabelFree)定量策略,。定量蛋白質(zhì)組學技術常見的幾類主要包括:LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析,、MRM/PRM定量蛋白組學分析,、SILAC/Dimethyl標記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學,、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學分析,。蛋白質(zhì)組學由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關于疾病發(fā)生,細胞代謝等過程的整體而全方面的認識。
蛋白組學技術:質(zhì)譜技術相較于傳統(tǒng)蛋白質(zhì)鑒定技術而言,,擁有靈敏,、準確、高通量,、自動化等特點,。質(zhì)譜鑒定蛋白質(zhì)的基本原理是先將樣品分子離子化,然后根據(jù)不同離子之間的質(zhì)荷比差異來分離并確定蛋白質(zhì)的相對分子質(zhì)量,。根據(jù)蛋白質(zhì)酶解后所得到的肽質(zhì)量指紋圖譜,、肽序列標簽、和肽階梯序列去檢索蛋白質(zhì)或核酸序列數(shù)據(jù)庫,,質(zhì)譜技術可達到對蛋白質(zhì)的快速鑒定和高通量篩選,。因產(chǎn)生離子的方法不同而發(fā)展起來的質(zhì)譜包括基質(zhì)輔助激光解吸離子化質(zhì)譜、電噴霧離子化質(zhì)譜,、表面增強激光解吸離子化質(zhì)譜等,。蛋白質(zhì)組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標比較有效的方法之一。四川PRM定量蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜鑒定
蛋白質(zhì)組可以隨著組織,、甚至環(huán)境狀態(tài)的不同而改變,。廣東PRM定量蛋白質(zhì)組學應用
蛋白質(zhì)組的研究不但能為生命活動規(guī)律提供物質(zhì)基礎,也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑,。通過對正常個體及病理個體間的蛋白質(zhì)組比較分析,,我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質(zhì)分子”,它們可成為新藥物設計的分子靶點,,或者也會為疾病的早期診斷提供分子標志,。確實,那些世界范圍內(nèi)銷路比較好的藥物本身是蛋白質(zhì)或其作用靶點為某種蛋白質(zhì)分子,。因此,,蛋白質(zhì)組學研究不只是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業(yè)帶來巨大的利益,。蛋白質(zhì)組學的研究是生命科學進入后基因時代的特征,。廣東PRM定量蛋白質(zhì)組學應用
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