普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況,？普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程,；二是不同的環(huán)境、藥物,、病原菌等逆境脅迫處理,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序必須做生物學(xué)重復(fù)么,？需要幾個(gè)重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的,，轉(zhuǎn)錄組測序也不例外,，至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí),，通過對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制,，盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序可以同時(shí)測到mRNA,、lncRNA,、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA,。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個(gè)測序文庫（一是小RNA測序文庫,、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測,。浙江SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序,，LncRNA測序,、CircRNA測序、全轉(zhuǎn)錄組測序等,。2.根據(jù)物種特點(diǎn)：比如真核生物或者原核生物,，是否有參考基因組，測序平臺(tái)的不同,，分為真核有參和無參轉(zhuǎn)錄組測序,，原核轉(zhuǎn)錄組測序，全長轉(zhuǎn)錄組測序等,。3.根據(jù)相互關(guān)系：分為互作轉(zhuǎn)錄組,，比較轉(zhuǎn)錄組等等；此外,，基因組甲基化會(huì)影響到基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,，也屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)控測序范疇；還有用于研究轉(zhuǎn)錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq,，研究RNA與蛋白互作關(guān)系的RIP-Seq,，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。武漢單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子,，沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲(chǔ)存于外泌體中,，不受RNA外切酶影響,，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1],。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時(shí)由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件（MREs）,，能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）的催化關(guān)鍵,，然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源,，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA,，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組,、tRNA,、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA,。

轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,，和表達(dá)譜有什么區(qū)別？轉(zhuǎn)錄組,，指細(xì)胞某一時(shí)期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)，是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,。簡而言之,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。對(duì)RNA的分析,。分析應(yīng)該是分幾個(gè)維度的DNA到RNA,，RNA的剪切拼接，RNA的翻譯,。表達(dá)譜有兩種,，分別是基因表達(dá)譜和蛋白質(zhì)表達(dá)譜?；虮磉_(dá)譜是指細(xì)胞中所有基因表達(dá)的格局,。通過比較分析基因表達(dá)譜，可從整體水平研究代謝機(jī)制,，認(rèn)識(shí)基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,，發(fā)現(xiàn)重要基因。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析,。一般來說在研究所會(huì)委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping,，差異基因表達(dá)分析,，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景,。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,，同一組織：研究基因在不同處理下,，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系,。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)：基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系,。基因分類：找到細(xì)胞特異,，疾病相關(guān),，處理相關(guān)的基因表達(dá)模式，用于診斷疾病和預(yù)測等,?；蚓W(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能，基因間的相互作用,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需了解物種基因信息,，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。武漢RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達(dá)差異的研究,。浙江SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：單細(xì)胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細(xì)胞,。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增：RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA,，捕獲效率10%（5-**NA測序需要1ngDNA，極限稀釋加移液分離單細(xì)胞,；顯微操作分選單細(xì)胞,；流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞；激光切割實(shí)體組織,；微流控技術(shù),；磁珠捕獲，主要用于CTC,。它的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以結(jié)合流式細(xì)胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據(jù)表面Marker分選細(xì)胞,。因此特別適合分選細(xì)胞子集用于測序。它的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以獲得細(xì)胞形態(tài)全覽圖,，提供另外一個(gè)維度的信息,，可用于鑒定微孔中是否有損傷的細(xì)胞或雙份細(xì)胞，主要缺點(diǎn)是通量低且每個(gè)細(xì)胞所需的工作量相當(dāng)大,。浙江SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域

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