circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒有5′ 帽子結(jié)構(gòu)和3′ poly（A）結(jié)構(gòu),，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中,，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解,，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域,、操縱子及多順反子,，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大,，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測范圍廣，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：Anydeplete技術(shù)首先通過隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成,，一鏈合成引入核苷酸類似物，用于酶切打斷,，二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性,。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物,，用于酶切降解,。當(dāng)形成單鏈文庫后，設(shè)計特異性引物與rRNA形成文庫結(jié)合,，一輪退火延伸,，rRNA文庫形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點,，當(dāng)形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點被識別,，切去接頭，這樣rRNA形成的文庫不帶有完整的接頭，而其他文庫帶有完整接頭,，通過PCR擴(kuò)增富積既能得到想要的信息,，包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣,，包含分子標(biāo)簽,，可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點。杭州宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組研究轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類,、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu),、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序有什么樣的樣品要求,？（1）樣品純度要求：OD值應(yīng)在1.8至2.2之間,；電泳檢測28S:18S至少大于1.8。（2）樣品濃度：totalRNA濃度不低于400ng/μg,。（3）totalRNA樣品請置于-20℃保存,；請?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積,、制備時間,、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數(shù)據(jù),，包括電泳膠圖,、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。（4）樣品請置于1.5ml管中,，管上注明樣品名稱,、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口,。建議使用干冰運輸,，并且盡量選用較快的郵遞方式,，以降低運輸過程中樣品降解的可能性,。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域,、操縱子及多順反子,，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大,，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理,，不同的研究目標(biāo),，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能,。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬,，那么就需要和分析人員溝通一下,，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,，注釋信息太雜亂,，怎么挑選目標(biāo)基因？對不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象,；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報道，挑選相關(guān)差異基因,，不要局限在自己研究的物種上,。circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中，具有組織特異性,、疾病特異性,、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征。
轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）主要通過高通量測序研究特定組織或細(xì)胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量，進(jìn)而對相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析,。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路,。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過由于高通量測序成本的下降,，RNA-seq的運用愈來愈普遍,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號,。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。在早期,，由于測序價格昂貴,、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究,。近十幾年,，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ),。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù),、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測序技術(shù),、RNA測序技術(shù)其中,。深圳IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)