轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?(1)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題,;(2)靈敏度高,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本,;(3)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,,無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針,,因此無(wú)需了解物種基因信息,能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,,同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,,UTR區(qū)域,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么?貴陽(yáng)RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟:?jiǎn)渭?xì)胞的分離和捕獲:溫和分離,,稀有細(xì)胞,。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增:RNA測(cè)序需要0.1-1.0ug total RNA,捕獲效率10%(5-**NA測(cè)序需要1ng DNA,,極限稀釋加移液分離單細(xì)胞,;顯微操作分選單細(xì)胞;流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞,;激光切割實(shí)體組織,;微流控技術(shù);磁珠捕獲,,主要用于CTC,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念:普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA,,獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值,。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA,然后建庫(kù)測(cè)序,,獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值,。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,且存在異質(zhì)性。外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),,是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之,,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),,是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之,,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。
什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對(duì)象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和,。轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,,和表達(dá)譜有什么區(qū)別?轉(zhuǎn)錄組,,指細(xì)胞某一時(shí)期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平,。轉(zhuǎn)錄組學(xué),是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,。簡(jiǎn)而言之,,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),。
轉(zhuǎn)錄組學(xué):隨著越來(lái)越多的基因組序列相繼被測(cè)定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,各類(lèi)組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉?duì)象的基因組學(xué)(Genomics),、以轉(zhuǎn)錄過(guò)程為研究對(duì)象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義:1.轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制.2.通過(guò)基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個(gè)例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個(gè)亞型,尤其是對(duì)原發(fā)性惡性瘤,通過(guò)轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)譜的建立,可以詳細(xì)描繪出患者的生存期以及對(duì)藥物的反應(yīng)等,。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所需數(shù)據(jù)量與所研究物種的基因組大小有關(guān),,基因組越大,則所需數(shù)據(jù)量越大,。外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)
轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào),。貴陽(yáng)RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序:由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制,因此在進(jìn)行測(cè)序之前,,需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,,之后再通過(guò)與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本,這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例,,同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異,。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì):1,、全方面鑒定可變剪切;2,、發(fā)現(xiàn)更多新基因,;3、有效改善基因組注釋?zhuān)?,、鑒定更多的LncRNA,;5、準(zhǔn)確定位融合基因,。研究思路:由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù),,因而其成本依然較高,如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組,,通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān),,因此,全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合,。貴陽(yáng)RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)