單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離,、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開始,，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化,、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化,，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析,，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群,，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）,、軌跡分析,、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜，這些設(shè)計(jì)可能包括來自患病和未患病個(gè)體的樣本,、在不同時(shí)間點(diǎn)（例如,，診療前和診療后）收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本,。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征,，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況,？杭州RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA,，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細(xì)胞增殖,、細(xì)胞周期,、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn),，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡,、增殖,、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶,，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用,。有研究證實(shí)通過干擾環(huán)狀RNA的表達(dá)，可以提高瘤對藥物的敏感性,，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn),。南京SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。

什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序,？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,，包括：mRNA,、ncRNA、rRNA等,；狹義上指所有mRNA的組合,。轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA,。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性,、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn),。無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別,？如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列,，且和該基因組序列比對效率較高，那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略,，直接進(jìn)行分析,。反之，則需要按照無參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本組裝,，構(gòu)建unigene庫,，然后進(jìn)行后續(xù)分析。

轉(zhuǎn)錄組測序推薦的測序數(shù)據(jù)量,？轉(zhuǎn)錄組測序所需數(shù)據(jù)量與所研究物種的基因組大小有關(guān),，基因組越大，則所需數(shù)據(jù)量越大,。按照我們的經(jīng)驗(yàn)來說：常規(guī)物種一般建議6G數(shù)據(jù)即可,；基因組較大的物種推薦8G以上數(shù)據(jù)，比如：小麥建議10G數(shù)據(jù)起,，甘蔗,、甘薯建議至少8G數(shù)據(jù)。轉(zhuǎn)錄組測序必須做生物學(xué)重復(fù)么,？需要幾個(gè)重復(fù),？生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的，轉(zhuǎn)錄組測序也不例外,，至少3 次生物學(xué)重復(fù),。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí)，通過對實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制,，盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平,，減少批次效應(yīng)對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于非生物環(huán)境關(guān)系研究,、植物與微生物,、在表型鑒定中的應(yīng)用、代謝途徑及功能基因組研究,。

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期,、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合,。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測序,，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部優(yōu)點(diǎn),，可以檢測環(huán)境中的活性微生物,、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進(jìn)行研究，還可以比較不同環(huán)境下的差異表達(dá)基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制,，探索環(huán)境與微生物之間的互作機(jī)理,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序樣品純度要求,，OD值應(yīng)在1.8至2.2之間,。上海靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)費(fèi)用

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析。杭州RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析,。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控,，mapping，差異基因表達(dá)分析,，SNV分析等）,。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況,。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下,，不同條件下的表達(dá)變化,。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系,。RNA-Seq,，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測序,，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝,，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解,。杭州RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)