轉錄組學(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科,,從RNA水平研究基因的表達情況,。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量,、基因功能,、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等,。轉錄組(transcriptome),,是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產(chǎn)物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合,。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,。深圳mRNA-seq轉錄組學
全轉錄組測序:狹義的轉錄組默認只包含mRNA,,但是廣義的轉錄組指的是細胞或組織中所有轉錄產(chǎn)物的匯合,其中包含mRNA和非編碼RNA(non-codingRNA,ncRNA),。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調控功能的smallRNA(以miRNA為表示),,長鏈非編碼RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)和環(huán)狀RNA(circularRNA,circRNA)上,而這幾類ncRNA的調控對象都和mRNA有關,。因此,,全轉錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序,,并分析這四者之間復雜的相互作用關系,。濟南IncRNA轉錄組學費用轉錄組學是研究細胞表型和功能的一個重要手段。
單細胞轉錄組學基本概念:普通轉錄組的思路也可以應用到單細胞轉錄組,。普通轉錄組相當于把一群細胞混合到一起去提取RNA,,獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值,。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA,然后建庫測序,,獲得是是單個細胞的表達值,。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性,且存在異質性,。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞,,尤其是當我們對整個組織進行測序時,它們本身就是由不同類型的細胞組成的,,而我們用普通轉錄組來測序,,相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異,展示的是整個組織的平均的狀態(tài),,所以說單細胞從這個來看跟普通轉錄組就不同在是用一個細胞測,,不是用一堆細胞測。
轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,,可以多種方式參與生物學功能,,如細胞增殖、細胞周期,、侵襲和轉移等,。近年來研究發(fā)現(xiàn),環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控,,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復,、凋亡、增殖,、細胞轉運,,以及介導瘤耐藥的細胞內酶,進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調節(jié)作用,。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達,,可以提高瘤對藥物的敏感性,提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點,。轉錄組學測序包括mRNA和非編碼RNA,。
什么叫轉錄組學?廣義轉錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡以及它們與細胞功能的關系.而狹義轉錄組是指可直接參與翻譯蛋白質的mRNA總和.研究生物細胞中轉錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學就稱為轉錄組學(tran—scriptomics),。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組具有組織特異性的特點,。濟南IncRNA轉錄組學研究方法
轉錄組學可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,。深圳mRNA-seq轉錄組學
轉錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內的完整轉錄信息的匯合,表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類,、確定基因的轉錄結構,、量化轉錄物的表達水平。蛋白質是生命功能的直接執(zhí)行者,,蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質,。整合轉錄組學和蛋白質組學的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究,,可以從整體上解釋生物學問題,,探究生物體生理和疾病機理等。轉錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究:利用轉錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制,。深圳mRNA-seq轉錄組學
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