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來源: 發(fā)布時間:2024-06-17

真核生物的基因組 DNA 以染色質(Chromatin)的形式存在,。因此,,研究蛋白質與 DNA 在染色質環(huán)境中的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑,而染色質免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,,ChIP)技術是目前公認的研究此相互作用的選擇,,是真核生物基因表達機制研究中不可或缺的技術之一。
它的基本原理是在活細胞狀態(tài)下,,固定蛋白質-DNA(染色質)復合物,,并將其切斷為一定長度范圍內的染色質小片段,然后通過免疫學方法(抗體親和)沉淀此復合體,,特異性地富集目的蛋白結合的 DNA,,通過對目的片段的純化與后期檢測,從而獲得蛋白質與 DNA 相互作用的信息,。
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免疫沉淀技術(Immunoprecipitation,簡稱IP)是一種生物化學方法,,它利用特異性抗體對抗原進行親和純化,。在含有目的抗原的細胞裂解液中加入特定的抗體以及Protein A/G-Beads(預先將Protein A/G固定結合在磁珠上),根據(jù)抗原與抗體,、Protein A/G與抗體的Fc的特異性,,形成“抗原-抗體-Protein A/G-Beads”復合物,清洗離心后去除溶液中未結合的雜蛋白,,檢測是否存在目的蛋白,。
免疫沉淀技術常用于從細胞或組織裂解物中分離用于免疫印跡檢測或其他檢測技術的蛋白和其他生物分子。它的目標是分離足夠用于Western Blot或其他檢測方法檢測的蛋白質,。
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免疫沉淀(IP)實驗中抗體的選擇非常關鍵,因為抗體的特異性和親和力直接影響到實驗的成功與否,。
1. 特異性:抗體應當對目標蛋白具有高度的特異性,,以避免與其他蛋白發(fā)生非特異性結合,導致假陽性結果,。
2. 親和力:抗體對目標蛋白的親和力要足夠高,,以確保在免疫沉淀過程中能夠有效地捕獲目標蛋白。
3. 抗體類型:單克隆抗體和多克隆抗體都可以用于IP實驗,。單克隆抗體提供更高的特異性和批間一致性,,而多克隆抗體可能提供更強的結合能力和更廣的表位覆蓋。
4. 應用驗證:選擇已經(jīng)過免疫沉淀(IP)或相關應用(如Western blot, IHC)驗證的抗體,,這增加了實驗成功的可能性。
5. 供應商信息:選擇信譽良好的抗體供應商,并查看供應商提供的技術數(shù)據(jù)和客戶評價,,以幫助做出決策,。

免疫共沉淀分析(Co-IP)與IP十分類似,基本的技術都是采用目標抗原特異性的固相化抗體,;但IP的目標是純化單一抗原,,而Co-IP旨在分離抗原及與抗原結合的蛋白質或配體。

在Co-IP實驗中,,已知抗原稱為誘餌蛋白,,與之結合的蛋白則稱為靶蛋白。靶蛋白可能是一些復雜的伴侶蛋白,、信號分子,、結構蛋白、輔助因子等,,蛋白間相互作用強度范圍可能介于高度瞬時和十分穩(wěn)定之間,。
基本的Co-IP實驗方案與IP相同,實際上任何IP系統(tǒng)均可用于Co-IP,。但是,,還有許多其他因素需要考慮,例如,,結合和洗滌條件的優(yōu)化,,優(yōu)化時,需要考慮到誘餌蛋白-靶蛋白的相互作用強度以及抗體-誘餌蛋白的親和力,。
免疫沉淀技術的應用,。

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Co-IP(Co-Immunoprecipitation,共免疫沉淀)的實驗方法通常包括以下步驟:
1. 細胞培養(yǎng)與裂解:細胞在適宜的培養(yǎng)條件下生長到適當?shù)拿芏取?/span>
蛋白質分離:裂解后的細胞混合物通過離心去除未破碎的細胞碎片和未裂解的細胞,。收集上清液
2. 抗體的添加:將特異性抗體(針對目標蛋白質的抗體)加入到裂解物中,。
3. 免疫復合物的形成:抗體與目標蛋白結合后,形成免疫復合物,。
4. 親和介質的使用:向混合物中添加蛋白A或蛋白G結合的珠子(如瓊脂糖或磁性珠子),。
5. 免疫復合物的捕獲:將混合物與珠子孵育一段時間后,使用磁鐵或離心的方法將珠子收集起來,,同時捕獲了與之結合的免疫復合物,。
6. 洗滌:洗滌珠子以去除未特異性結合的蛋白質和其他分子。
7. 洗脫:使用適當?shù)木彌_液將免疫復合物從珠子上洗脫下來,,常用的緩沖液包括SDS樣品緩沖液,,用于后續(xù)的電泳分析。
8. 蛋白質分析:洗脫的蛋白質可以通過SDS-PAGE凝膠電泳,、Western blot,、質譜分析等方法進行進一步分析,。
9. 實驗對照:實驗中應包括陽性對照和陰性對照,以確保實驗結果的可靠性,。
10. 數(shù)據(jù)分析:對實驗結果進行分析,,確認目標蛋白是否成功沉淀,并鑒定任何可能的相互作用蛋白,。
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“免疫沉淀”一般是指采用固定在固相支持物上的結合蛋白,,進行小規(guī)模的蛋白質親和純化的實驗,。更確切地說,IP是采用固定在微珠支持物(一般是瓊脂糖樹脂)上的特定抗體,,從復雜的混合物中,,純化單一抗原的實驗。固定化蛋白質復合物的組裝既可以分步進行,,也可以一步完成,。

常見的加樣順序:抗體和樣本(如細胞裂解物)一起孵育,然后加入親和微珠,,用于捕獲抗體-抗原復合物,。也可以將抗體和微珠(通過抗體結合蛋白,如蛋白A,、G或A/G等,,直接或間接結合抗體)先進行孵育,然后再加入含有抗原的樣本,。當抗原,、抗體和固相支持物產(chǎn)生結合以后,充分洗滌微珠,,再采用適當?shù)南疵摼彌_液從支持物上洗脫抗原,。
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