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來源: 發(fā)布時(shí)間:2024-07-23

免疫沉淀技術(shù)(Immunoprecipitation, IP)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)通常包括以下幾個(gè)關(guān)鍵步驟:

1. 目標(biāo)蛋白質(zhì)的選擇:
2. 抗體的選擇:選擇特異性強(qiáng),、親和力高的抗體來捕獲目標(biāo)蛋白質(zhì)
3. 樣本的準(zhǔn)備:收集和準(zhǔn)備細(xì)胞或組織樣本。
4. 蛋白質(zhì)的裂解和釋放:選擇合適的裂解條件,,如pH值,、離子強(qiáng)度、去污劑等,。
5. 蛋白質(zhì)濃度的測(cè)定:確定裂解液中蛋白質(zhì)的濃度,,以便于后續(xù)步驟的標(biāo)準(zhǔn)化,。
6. 免疫沉淀的操作:將特異性抗體與裂解液混合,,并在適宜的條件下孵育,,以形成抗體-抗原復(fù)合物。
7. 非特異性結(jié)合的減少:通過預(yù)純化步驟去除可能的非特異性結(jié)合蛋白,。
8. 洗滌:多次洗滌以去除未結(jié)合的蛋白質(zhì)和雜質(zhì),。
9. 目標(biāo)蛋白質(zhì)的洗脫:使用適當(dāng)?shù)木彌_液洗脫抗體-抗原復(fù)合物。
10. 后續(xù)分析:對(duì)洗脫的蛋白質(zhì)進(jìn)行進(jìn)一步分析,,如Western Blot.
11. 對(duì)照實(shí)驗(yàn):設(shè)計(jì)適當(dāng)?shù)恼龑?duì)照和負(fù)對(duì)照,,以評(píng)估實(shí)驗(yàn)的特異性和敏感性,。
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Co-IP的優(yōu)勢(shì):
1. 生理相關(guān)性:Co-IP可以在接近生理?xiàng)l件的條件下捕獲蛋白質(zhì)相互作用。
2. 特異性:使用特異性抗體可以提高實(shí)驗(yàn)的特異性,。
3. 廣泛應(yīng)用:Co-IP技術(shù)適用于多種樣本類型,,包括細(xì)胞培養(yǎng)、組織樣本等,。
Co-IP的局限性:
1. 抗體依賴性:需要高質(zhì)量的特異性抗體,,否則可能得到假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果。
2. 非特異性結(jié)合:可能存在非特異性結(jié)合問題,,需要仔細(xì)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和對(duì)照來控制,。
3. 技術(shù)挑戰(zhàn):對(duì)于低豐度或弱相互作用的蛋白質(zhì),Co-IP可能面臨技術(shù)挑戰(zhàn)。
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免疫沉淀IP實(shí)驗(yàn)中磁珠還是瓊脂糖珠的選擇取決于客戶實(shí)驗(yàn)情況,。
瓊脂糖珠海綿狀的結(jié)構(gòu)  (直徑 50-150 μm)  可以結(jié)合抗體  (繼而結(jié)合靶蛋白) ,它能夠直接高效,、快速結(jié)合抗體,,而不需借助特殊的專業(yè)設(shè)備。瓊脂糖珠呈多孔結(jié)構(gòu),,這使得它們擁有更大的表面積可與蛋白質(zhì)相互接觸,,具有更高的結(jié)合載量。
與瓊脂糖珠不同,,磁珠是固體,,抗體的結(jié)合限于磁珠的表面。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠 ,,盡管磁珠沒有多孔中心增加結(jié)合能力,,但每體積的磁珠數(shù)量比瓊脂糖珠多,使磁珠擁有足夠的抗體結(jié)合表面積滿足高容量的抗體結(jié)合,。
簡(jiǎn)而言之,,瓊脂糖珠的結(jié)合能力較強(qiáng),而磁珠在得率,,可重復(fù)性以及自動(dòng)化方面有明顯的優(yōu)勢(shì),。

Co-IP的實(shí)驗(yàn)步驟:
1. 細(xì)胞裂解:首先,細(xì)胞或組織被裂解,,釋放其中的蛋白質(zhì),。
2. 抗體結(jié)合:然后,將特異性抗體(針對(duì)已知蛋白質(zhì)之一的抗體)加入到裂解物中,。這些抗體會(huì)特異性地結(jié)合到目標(biāo)蛋白(誘餌蛋白)上,。
3. 免疫復(fù)合物形成:抗體與目標(biāo)蛋白結(jié)合后,形成免疫復(fù)合物,。
4. 沉淀:接著,,使用蛋白A或蛋白G結(jié)合的珠子(如瓊脂糖或磁性珠子)來捕獲免疫復(fù)合物。蛋白A或蛋白G能夠與抗體的Fc部分結(jié)合,,從而拉下抗體以及與之結(jié)合的目標(biāo)蛋白和任何相關(guān)的相互作用蛋白,。
5. 洗滌:捕獲的免疫復(fù)合物被洗滌以去除未特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)。
6. 洗脫和分析:免疫復(fù)合物被洗脫并進(jìn)行進(jìn)一步的分析,,如Western blot(WB)或質(zhì)譜分析,,以鑒定相互作用的蛋白質(zhì)。
免疫沉淀IP抗體的選擇,?

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RIP技術(shù)的優(yōu)勢(shì)在于:
1. 特異性:利用特異性抗體,,可以精確地捕獲目標(biāo)RNA結(jié)合蛋白及其相互作用的RNA,。
2. 應(yīng)用場(chǎng)景多:適用于研究RNA結(jié)合蛋白、miRNA,、lncRNA等非編碼RNA與蛋白質(zhì)的相互作用,。
3. 技術(shù)結(jié)合:RIP后的RNA可以用于多種下游分析,如qPCR,、測(cè)序等,,為研究RNA的功能和調(diào)控提供了重要信息。
RIP技術(shù)的限制包括:
1. 抗體質(zhì)量:需要高質(zhì)量的特異性抗體,,否則可能得到假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果,。
2. 非特異性結(jié)合:可能存在非特異性結(jié)合問題,需要仔細(xì)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和對(duì)照來控制,。
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免疫沉淀ChIP實(shí)驗(yàn)中磁珠還是瓊脂糖珠的選擇取決于客戶實(shí)驗(yàn)情況,。
瓊脂糖珠海綿狀的結(jié)構(gòu)  (直徑 50-150 μm)  可以結(jié)合抗體  (繼而結(jié)合靶蛋白) ,,它能夠直接高效、快速結(jié)合抗體,,而不需借助特殊的專業(yè)設(shè)備,。瓊脂糖珠呈多孔結(jié)構(gòu),這使得它們擁有更大的表面積可與蛋白質(zhì)相互接觸,,具有更高的結(jié)合載量,。
與瓊脂糖珠不同,磁珠是固體,,抗體的結(jié)合限于磁珠的表面,。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠 ,盡管磁珠沒有多孔中心增加結(jié)合能力,,但每體積的磁珠數(shù)量比瓊脂糖珠多,,使磁珠擁有足夠的抗體結(jié)合表面積滿足高容量的抗體結(jié)合。
簡(jiǎn)而言之,,瓊脂糖珠的結(jié)合能力較強(qiáng),,而磁珠在得率,可重復(fù)性以及自動(dòng)化方面有明顯的優(yōu)勢(shì),。
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標(biāo)簽: 免疫沉淀 支原體