以轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槔?/h1>

來源： 發(fā)布時(shí)間：2024-09-30

通過二代測序平臺，快速獲得動植物特定細(xì)胞或組織的轉(zhuǎn)錄本及基因表達(dá)信息,，可進(jìn)行基因表達(dá)水平,、基因功能、可變剪切,、SNP以及新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等方面的研究,。與傳統(tǒng)的芯片檢測技術(shù)相比，RNA-seq技術(shù)具有更高的靈敏度和動態(tài)范圍,，可以檢測到低表達(dá)基因并能夠識別出多個(gè)同一基因的不同剪切形式,。在RNA-seq實(shí)驗(yàn)中，首先需要從樣品中提取RNA并進(jìn)行建庫,，然后將建庫后的RNA樣本通過測序儀進(jìn)行高通量測序,，得到原始測序數(shù)據(jù)。接下來,，利用生物信息學(xué)分析軟件對原始測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控,、比對、拼接和定量分析,，終獲得基因表達(dá)水平,、可變剪切、SNP等信息,。真核無參轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)適用于目標(biāo)生物的基因組序列并不完全已知或不具參考基因組,。以轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槔?如何根據(jù)高通量測序

長讀長 RNA-seq 在研究基因融合等基因組異常方面也表現(xiàn)出了的性能?；蛉诤鲜窃S多疾病,，發(fā)生的重要機(jī)制之一。通過長讀長測序,，我們可以更準(zhǔn)確地檢測到這些融合事件,，為疾病的診斷和提供更精確的依據(jù)。當(dāng)然,，長讀長RNA-seq也并非完美無缺,。它在技術(shù)上仍然面臨著一些挑戰(zhàn),，例如測序成本較高、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性有待進(jìn)一步提高等,。但不可否認(rèn)的是,，它的出現(xiàn)為基因研究帶來了新的突破和機(jī)遇。在實(shí)際應(yīng)用中,，Illumina 短讀長測序平臺和長讀長 RNA-seq 可以相互補(bǔ)充,，共同推動基因研究的發(fā)展。短讀長測序可以繼續(xù)發(fā)揮其在大規(guī)?；虮磉_(dá)分析,、差異表達(dá)基因篩選等方面的優(yōu)勢，而長讀長 RNA-seq 則可以專注于解決那些需要更精細(xì)基因結(jié)構(gòu)解析的問題,。ssr分子標(biāo)記真核無參轉(zhuǎn)錄組可以揭示疾病相關(guān)的基因表達(dá)變化,，為診斷提供新的思路。

橋式擴(kuò)增是指將DNA模板固定在表面上,，并用適當(dāng)引物引導(dǎo)其進(jìn)行二倍體擴(kuò)增,，形成橋形結(jié)構(gòu)，后續(xù)進(jìn)行測序,。具體步驟如下：DNA片段連接和固定：首先,，將待測序的DNA樣品通過化學(xué)處理連接到測序平臺上的固定引物上。固定引物通常是親水性的,，能夠有效固定DNA分子在平臺表面上,。橋式擴(kuò)增：每一個(gè)DNA片段都會在平臺表面上擴(kuò)增成橋形結(jié)構(gòu),。這一過程是通過引物的作用,，在固定的DNA片段上進(jìn)行逐一擴(kuò)增，形成橋形結(jié)構(gòu),。芯片掃描：經(jīng)過橋式擴(kuò)增后的DNA橋結(jié)構(gòu)會通過芯片掃描成像,，以獲取其位置和序列信息。橋式擴(kuò)增技術(shù)的在于將DNA固定在平臺上,，并通過引物的導(dǎo)向?qū)崿F(xiàn)二倍體擴(kuò)增,，終形成橋形結(jié)構(gòu)進(jìn)行測序。這一步驟的高效實(shí)現(xiàn)了Illumina測序技術(shù)的高通量特性,。

通過DGE分析,，我們可以確定在疾病狀態(tài)、不同發(fā)育階段或不同環(huán)境下,，哪些基因表達(dá)發(fā)生了變化,，進(jìn)而幫助我們了解引起這些變化的生物學(xué)過程。DGE分析的意義不僅在于發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的基因,，更重要的是發(fā)現(xiàn)這些差異的生物學(xué)意義,。差異基因可能涉及到一系列的生物學(xué)過程,，例如細(xì)胞信號傳導(dǎo)、代謝途徑,、細(xì)胞增殖和凋亡等,。因此，通過對差異基因的生物學(xué)功能進(jìn)行進(jìn)一步探究,，可以幫助我們理解不同條件下基因表達(dá)調(diào)控的機(jī)制,，從而為疾病診斷、藥物開發(fā)等領(lǐng)域提供重要依據(jù),。真核無參轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)將越來越注重單細(xì)胞水平的研究,。

RNA-seq技術(shù)的主要步驟包括：RNA提取：首先從待測樣品中提取總RNA,，通常采用TRIzol法或商用RNA提取試劑盒進(jìn)行RNA提取,，保證RNA的純度和完整性。cDNA合成：通過逆轉(zhuǎn)錄（reverse transcription）反轉(zhuǎn)錄RNA為cDNA,，接著合成雙鏈cDNA,。文庫構(gòu)建：對雙鏈cDNA片段進(jìn)行末端修復(fù)、連接連接器（adapter）序列,，形成文庫,。測序：將文庫片段建橋、擴(kuò)增后通過二代測序平臺進(jìn)行高通量測序,。數(shù)據(jù)分析：對測序得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行基因定量,、差異表達(dá)基因分析、可變剪切和新轉(zhuǎn)錄本的分析等,。新基因的發(fā)現(xiàn)不僅豐富了我們對生物多樣性的認(rèn)識,，也為進(jìn)一步研究它們的功能和潛在應(yīng)用開辟了道路。以轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槔?如何根據(jù)高通量測序

真核無參轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)可以為研究者提供豐富的轉(zhuǎn)錄本信息,。以轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槔?如何根據(jù)高通量測序

在RNA-seq的眾多應(yīng)用中,，找出差異基因表達(dá)（Differentialgeneexpression,DGE）無疑是其中為常用和關(guān)鍵的分析方法之一。這種方法猶如一把銳利的手術(shù)刀,，精細(xì)地切中基因表達(dá)變化的要害,。當(dāng)我們比較不同樣本之間，如健康組織與病變組織,、不同發(fā)育階段,、不同環(huán)境刺激下等，DGE能夠幫助我們篩選出那些表達(dá)水平存在差異的基因,。這些差異基因往往蘊(yùn)含著豐富的生物學(xué)信息,，它們可能是導(dǎo)致疾病發(fā)生的關(guān)鍵因素，也可能是調(diào)控生物發(fā)育和生理過程的重要節(jié)點(diǎn),。通過對差異基因的深入研究,，我們可以進(jìn)一步探索其背后的生物學(xué)意義,。以轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槔?如何根據(jù)高通量測序

標(biāo)簽： 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 代謝組學(xué) 細(xì)菌基因組 健康檢測 轉(zhuǎn)錄組測序

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