Illumina測序技術(shù)是一種性的高通量測序技術(shù),，已經(jīng)成為生命科學(xué)研究領(lǐng)域中為廣泛應(yīng)用的測序平臺之一,。Illumina測序技術(shù)的流程主要包括以下幾個(gè)步驟：文庫構(gòu)建：將DNA樣本切成小片段，然后將每個(gè)片段的兩端與特定的接頭連接,，形成DNA文庫,。文庫測序：將DNA文庫加載到Illumina測序芯片上，進(jìn)行橋式擴(kuò)增和同步測序,。序列數(shù)據(jù)處理：對測序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,，包括去除低質(zhì)量的reads、拼接序列等,。數(shù)據(jù)分析：對處理后的序列數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,，包括基因表達(dá)分析、基因突變檢測,、基因組變異分析等,。鏈特異性轉(zhuǎn)錄組學(xué)在生命科學(xué)研究中發(fā)揮著越來越關(guān)鍵的作用。美吉轉(zhuǎn)錄組測序

RNA測序（RNA-seq）自誕生起就應(yīng)用于分子生物學(xué),，幫助理解各個(gè)層面的基因功能,。RNA-seq技術(shù)的出現(xiàn)，使得我們能夠,、準(zhǔn)確地研究轉(zhuǎn)錄組,，并從中獲得豐富的信息。在RNA-seq中,，常用的分析方法之一就是差異基因表達(dá)（Differential gene expression, DGE）分析,。通過對不同條件下的樣本進(jìn)行RNA測序，我們可以找出不同基因在不同條件下的表達(dá)水平變化,，從而發(fā)現(xiàn)潛在的生物學(xué)意義或研究靶點(diǎn),。DGE分析的重要性和應(yīng)用，自從誕生以來,，雖然在方法和工具上有所改進(jìn)，但其基本原理和方法卻從未發(fā)生實(shí)質(zhì)性的改變,。美吉轉(zhuǎn)錄組測序相信真核無參轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)將推動整個(gè)生物學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展,。

SNP（單核苷酸多態(tài)性）的發(fā)現(xiàn)也是RNA-seq的重要成果之一。這些微小的遺傳變異在個(gè)體間存在，與許多性狀和疾病密切相關(guān),。RNA-seq能夠高效地檢測到這些SNP,，為遺傳學(xué)研究、疾病診斷和個(gè)體化醫(yī)療提供重要的數(shù)據(jù)支持,。了解特定細(xì)胞或組織中的SNP分布,，可以幫助我們更好地理解遺傳因素對生物特征和疾病易感性的影響。新轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)是RNA-seq帶來的又一驚喜,。在以往的研究中,，可能有許多未被發(fā)現(xiàn)的轉(zhuǎn)錄本隱藏在基因的海洋中。RNA-seq憑借其強(qiáng)大的檢測能力,，不斷挖掘出這些新的轉(zhuǎn)錄本,，為我們拓展對基因表達(dá)調(diào)控的認(rèn)知。這些新轉(zhuǎn)錄本可能具有獨(dú)特的功能和意義,，為生物研究開辟新的領(lǐng)域和方向,。

在真核有參轉(zhuǎn)錄組測序中，基因表達(dá)的差異分析主要有以下幾種方法：倍數(shù)變化法（FoldChange）;統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)方法;基于模型的方法,；非參數(shù)檢驗(yàn)方法,；貝葉斯方法；聚類分析,；基因集分析;差異表達(dá)分析軟件;例如,，在研究某種疾病與正常組織的基因表達(dá)差異時(shí)，可以使用 t 檢驗(yàn)來比較兩組樣本中各個(gè)基因的表達(dá)量,，篩選出差異的基因,；或者利用基因集分析來查看與疾病相關(guān)的通路中基因的整體表達(dá)變化情況。這些方法的綜合運(yùn)用可以更,、準(zhǔn)確地揭示基因表達(dá)的差異及其背后的生物學(xué)意義,。相信真核無參轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)將在生命科學(xué)研究中展現(xiàn)更加廣泛的應(yīng)用前景。

長讀長RNA-seq的原理是基于高通量測序平臺,，將RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA后進(jìn)行測序,。與短讀長RNA-seq不同，長讀長RNA-seq可以讀取更長的cDNA片段,，從而能夠更準(zhǔn)確地檢測基因的結(jié)構(gòu)和變異,。在長讀長RNA-seq中，通常使用單分子實(shí)時(shí)測序（SMRT）技術(shù)或納米孔測序技術(shù),。這些技術(shù)可以直接讀取RNA分子,，而不需要將其打斷成短片段，因此可以避免短讀長RNA-seq中由于片段化和拼接而引入的誤差,。通過長讀長RNA-seq,，可以獲得更完整的轉(zhuǎn)錄本信息,，包括基因的全長序列、可變剪接形式,、轉(zhuǎn)錄起始和終止位點(diǎn)等,。這對于研究基因的功能、調(diào)控機(jī)制以及疾病的發(fā)展具有重要意義,。真核無參轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)將在個(gè)體化醫(yī)療領(lǐng)域發(fā)揮更大作用,。風(fēng)險(xiǎn)建庫測序

鏈特異性轉(zhuǎn)錄組能夠更準(zhǔn)確地統(tǒng)計(jì)轉(zhuǎn)錄本的數(shù)量。美吉轉(zhuǎn)錄組測序

長讀長 RNA-seq 在研究基因融合等基因組異常方面也表現(xiàn)出了的性能,?；蛉诤鲜窃S多疾病，發(fā)生的重要機(jī)制之一,。通過長讀長測序,，我們可以更準(zhǔn)確地檢測到這些融合事件，為疾病的診斷和提供更精確的依據(jù),。當(dāng)然,，長讀長RNA-seq也并非完美無缺。它在技術(shù)上仍然面臨著一些挑戰(zhàn),，例如測序成本較高,、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性有待進(jìn)一步提高等。但不可否認(rèn)的是,，它的出現(xiàn)為基因研究帶來了新的突破和機(jī)遇,。在實(shí)際應(yīng)用中，Illumina 短讀長測序平臺和長讀長 RNA-seq 可以相互補(bǔ)充,，共同推動基因研究的發(fā)展,。短讀長測序可以繼續(xù)發(fā)揮其在大規(guī)模基因表達(dá)分析,、差異表達(dá)基因篩選等方面的優(yōu)勢,，而長讀長 RNA-seq 則可以專注于解決那些需要更精細(xì)基因結(jié)構(gòu)解析的問題。美吉轉(zhuǎn)錄組測序