本文為中國科學(xué)院海岸帶研究所趙建民課題組在ScienceoftheTotalEnvironment期刊發(fā)表了的文章,，通過iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究弧菌***加劇了海洋酸化造成的牡蠣免疫抑制效應(yīng),。海洋酸化可能增加海洋軟體動(dòng)物疾病加劇的風(fēng)險(xiǎn),。從而將產(chǎn)生重大的經(jīng)濟(jì)和生態(tài)影響,，因此本研究結(jié)果具有重要的指導(dǎo)意義,。在本研究中,，研究者將太平洋牡蠣暴露于酸化海水（約2000ppm）中28天,，然后用金氏弧菌進(jìn)行***處理,，以此研究海洋酸化是否會(huì)影響牡蠣對(duì)病原菌***的免疫反應(yīng),。此外，利用基于iTRAQ的定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法,，對(duì)牡蠣鰓這一潛在的造血部位進(jìn)行了研究,，以分析對(duì)OA和金氏弧菌共同作用較敏感的生理過程。蛋白質(zhì)組學(xué),Label Free/iTRAQ/dia/MRM/PRM,。天津蛋白組學(xué)質(zhì)譜

作者通過iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)鑒定敲低NMT1后發(fā)生變化的蛋白質(zhì),。結(jié)果鑒定到三種上調(diào)蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六種下調(diào)蛋白（NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF）（圖2A）。作者將這些蛋白質(zhì)分別命名為N-豆蔻?；抡{(diào)蛋白(NDP)和上調(diào)蛋白(NUP),。有趣的是，敲低NMT1會(huì)減少NDP和NUP的N-豆蔻?；?，而過表達(dá)NMT1會(huì)誘導(dǎo)NDP和NUP的N-豆蔻酰化（圖2B）,。在小鼠模型中,，敲除NMT1會(huì)導(dǎo)致NDP和NUP的去N-豆蔻酰化,，這可以通過在肝臟中表達(dá)外源性NMT1來部分逆轉(zhuǎn)（圖2C）,。這些發(fā)現(xiàn)表明,，盡管NMT1對(duì)NDP和NUP的表達(dá)起著相反的作用，但NMT1同時(shí)刺激NDP和NUP的N-豆蔻?；?。上海差異蛋白組學(xué)歐易鹿明生物基于質(zhì)譜技術(shù),生物信息學(xué)方法,提供蛋白質(zhì)組學(xué)。

在本研究中,，利用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)方法對(duì)東京野茉莉種子發(fā)育的4個(gè)時(shí)間點(diǎn)采樣進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析,。獲得了2338個(gè)蛋白和1473個(gè)DEPs。Mfuzz聚類分析顯示,，在種子發(fā)育過程中,，轉(zhuǎn)錄本和蛋白質(zhì)組之間存在相當(dāng)大的時(shí)序一致性。在四個(gè)發(fā)育時(shí)期中,，花后70天（種子發(fā)育活躍期）是視為東京野茉莉種仁發(fā)育的關(guān)鍵時(shí)期：在該階段與脂肪酸生物合成相關(guān)的功能基因和酶蛋白均達(dá)到表達(dá)峰值,，同時(shí)種仁內(nèi)部大部分營養(yǎng)物質(zhì)開始迅速積累。通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)綜合分析油脂合成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),，乙酰CoA羧化酶和**酸脫氫酶兩個(gè)酶體系處于中心位置,，在脂肪酸的合成過程中具有主導(dǎo)作用。

為了驗(yàn)證TMT蛋白組學(xué)數(shù)據(jù),，作者選擇了18個(gè)與蓮種胚脫水保護(hù)功能密切相關(guān)的候選DEPs進(jìn)行PRM蛋白靶向驗(yàn)證,。PRM鑒定了18個(gè)候選DEPs。這些蛋白質(zhì)的表達(dá)模式在PRM和TMT的定量結(jié)果之間顯示出類似的趨勢(shì),。然而,，PRM檢測到的蛋白豐度的倍數(shù)變化值要大于TMT數(shù)據(jù)。這一結(jié)果在很大程度上支持了TMT數(shù)據(jù)的可靠性,?；赥MT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)的生物信息學(xué)分析，對(duì)脅迫生理指標(biāo)進(jìn)行了測定,，以驗(yàn)證蓮種胚脫水的保護(hù)機(jī)制,。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反,，它們的水平迅速增加（圖6A,，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）,。上label free蛋白組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)原理,。

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)研究案例：作為一種常見的******，脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲(chǔ)存過程中會(huì)污染谷物和飼料,。DON在動(dòng)物中會(huì)引起厭食和生長遲緩在內(nèi)的一系列不良反應(yīng),。本文作者使用轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)對(duì)鼠C2C12細(xì)胞進(jìn)行了研究，分析DON對(duì)成肌細(xì)胞分化的影響,。研究結(jié)果表明,，DON通過下調(diào)細(xì)胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號(hào)通路來影響成肌細(xì)胞的分化,。本文研究體現(xiàn)了組學(xué)技術(shù)在機(jī)制研究中的重要作用。中文標(biāo)題：霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調(diào)細(xì)胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號(hào)通路影響成肌細(xì)胞分化研究對(duì)象：脫氧雪腐鐮刀菌烯醇,、C2C12細(xì)胞發(fā)表期刊：EcotoxicologyandEnvironmentalSafety影響因子：6.291發(fā)表時(shí)間：2021年10月發(fā)表單位：中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所運(yùn)用生物技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)(由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持),、免疫熒光、免疫印跡,、PCR歐易生物鹿明生物蛋白組學(xué)聯(lián)合分析,。安徽分泌蛋白組學(xué)

質(zhì)譜技術(shù),生物信息學(xué)方法,提供蛋白質(zhì)組學(xué) 。天津蛋白組學(xué)質(zhì)譜

使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析,，與GFP-群體相比,，在GFP+細(xì)胞中TM處理后，線粒體復(fù)合物IV的多個(gè)亞基被特異性下調(diào),，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集,。同時(shí)作者還分析了從人 LM2 細(xì)胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細(xì)胞,，在 TM 處理 48 小時(shí)后蛋白組學(xué)分析，揭示了GFP+細(xì)胞優(yōu)先富集,，同時(shí)揭示了線粒體 ETC 相關(guān)的通路,。因此，TM 處理特別影響具有更高細(xì)胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細(xì)胞中的線粒體 ETC 通路,。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑,。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶,。天津蛋白組學(xué)質(zhì)譜

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