通過蛋白質組學分析檢測了經(jīng)M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs,，在0,、24和48小時各種基因的表達增加(圖2A),。此外，熱圖分析揭示了不同表達的功能基因,，包括與炎癥,、細胞增殖、免疫調節(jié)和血管生成相關的因素(圖2B-E),。時序分析表明,，HBMECs中標記基因的上調與炎癥因子IL3RA有關，增殖相關蛋白CD40和免疫調節(jié)因子TNFRSF10C(圖2F-H),。作者主要研究外泌體是否促進人腦微血管內皮細胞的血管生成能力,，因此初步驗證了M-Exos***后血管生成相關基因的表達。蛋白質印跡結果顯示血管生成相關基因FlK1和ANGPT1的表達明顯增強(圖2I),。綜上所述,，結果證實了M-Exos誘導了人腦微血管內皮細胞的功能改變。一站式服務,研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質表達的變化,。江西蛋白組學數(shù)據(jù)上傳
本研究采用串聯(lián)質量標簽（TMT）標記的蛋白質組學和平行反應監(jiān)測（PRM）技術,，對蓮子脫水過程中的生理調控網(wǎng)絡進行了深入研究表明，碳水化合物代謝（包括糖酵解/糖異成,、半乳糖代謝,、淀粉和蔗糖代謝、磷酸戊糖途徑和細胞壁組織）,、ER中的蛋白質加工,、DNA修復和抗氧化事件對蓮種胎脫水有積極的反應。在蓮種胚脫水過程中,，非酶促抗氧化劑和戊糖磷酸和維生素E作為主要的抗氧化劑,，在脫水過程中維持荷花胚胎的REDOX平衡。這些結果為揭示荷花胚胎脫水保護機制的生理學調控網(wǎng)絡提供了酶途徑在抗氧化保護中起著主要作用,。應激生理學檢測表明,，H2O2是誘發(fā)氧化應激損傷的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的見解,。安徽磷酸化蛋白組學檢測蛋白組學常見研究模式,蛋白樣本準備注意事項以及經(jīng)典案例解讀,。
通過磷酸化蛋白質組定量鑒定了1244個磷酸化蛋白質，其中474個（38%）在**組織中***增加,，183個（15%）***下降,。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學的比較結果揭示了亞型特異性的活性激酶。進一步對差異改變的磷酸化位點的研究顯示,，在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉運的底物減少,。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質組技術，是對蛋白組學+磷酸化組學的雙重升級,，可實現(xiàn)快速采集,、更高的靈敏度和特異性,，**臨床蛋白質組學在定性數(shù)量更多、定量更準確,、位點鑒定更精確,、樣本需求量更低、檢測周期更短等性能上***提升,，從蛋白質表達和修飾雙重角度更好地發(fā)揮發(fā)掘分子調控機制,、發(fā)現(xiàn)疾病分子分型以及發(fā)掘生物標志物等多重作用。
作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發(fā)育過程中蛋白質表達的定量比較,，同時進行GO和KEGG通路富集分析,。結果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝,。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖,。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解,、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝,。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非?；钴S,。為了評估轉錄組和蛋白質組之間的一致性，以及了解轉錄后的mRNA在蛋白質水平上是如何表現(xiàn)的,，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析,。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。蛋白質組學-鹿明生物丨歐易生物,。
4D蛋白組學：tims TOF Pro2依賴于雙捕集離子淌度（TIMS）和同步累積連續(xù)碎裂（PASEF）數(shù)據(jù)采集模式兩大創(chuàng)新技術,，可實現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性,。同時,，其配備了***一代雙 TIMS 分析器，離子容量可提高三倍,，比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，讓蛋白質組學分析再上一個新的臺階,，鹿明生物同時配備了Evosep One高通量色譜使其在短梯度下也能實現(xiàn)蛋白深度覆蓋,，結果更精細，也成為轉化組學應用不可或缺的工具,。更高掃描速度：助力臨床大隊列項目研究,，更高覆蓋深度：助力蛋白組鑒定到更多的蛋白數(shù)量，超高靈敏度：助力微量樣本蛋白組分析,，鑒定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鑒定,。蛋白組+代謝組+脂質組-數(shù)據(jù)分析系統(tǒng),。山東植物蛋白組學研究
走近蛋白組學之蛋白組學常見問題答疑解惑。江西蛋白組學數(shù)據(jù)上傳
蛋白質組學,、磷酸化蛋白質組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫(yī)院樊嘉院士,、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創(chuàng)新中心高大明研究員,、復旦大學附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文,，通過基因組學、轉錄組學,、蛋白質組學,、磷酸化蛋白質組學、微生物組學研究方法對262例肝內膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析,，通過繪制肝內膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制,、分子分型、預后等提供了寶貴的資源,。江西蛋白組學數(shù)據(jù)上傳
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