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山西空間代謝組學(xué)公司

來源: 發(fā)布時間:2022-09-05

質(zhì)譜成像(Mass Spectrometry Imaging, MSI)作為一種新型的分子影像技術(shù),,能夠直接從生物組織中獲得大量已知或未知的內(nèi)源性代謝物和外源***物等分子的結(jié)構(gòu)、含量和空間分布信息,。相對于其他成像方法(如熒光成像、放射性標(biāo)記成像等),,該技術(shù)無需化學(xué)或放射性標(biāo)記,、不需復(fù)雜樣品前處理,具有高特異性,、高通量和空間信息保留的突出優(yōu)勢,。質(zhì)譜成像技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)生物組織中上千代謝物的定性、定量和定位分析,,結(jié)合生物信息學(xué)分析,,發(fā)展為空間代謝組學(xué)方法,可從生物組織原位發(fā)現(xiàn)差異代謝物,,并識別其生物學(xué)功能,。空間代謝組學(xué),代謝組數(shù)據(jù)如何分析,。山西空間代謝組學(xué)公司

在空間上的代謝變化表明,,在東莨菪堿***后,大鼠腦微區(qū)的代謝網(wǎng)絡(luò)發(fā)生紊亂,。但是代謝物和代謝酶是代謝網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵因素,,基于空間分辨的代謝組學(xué)信息為發(fā)現(xiàn)酶或基因異常提供了線索,但若要完成完整的代謝網(wǎng)絡(luò)分析必須進(jìn)一步驗(yàn)證蛋白質(zhì)和基因表達(dá)水平,。本文作者開發(fā)了一種空間分辨代謝網(wǎng)絡(luò)作圖方法,,通過無需衍生化、特定標(biāo)記或復(fù)雜樣品預(yù)處理的高通量AFADESI-MSI方法和代謝組學(xué)策略,在具有復(fù)雜結(jié)構(gòu)化腦組織中發(fā)現(xiàn)代謝分子變化,。能檢測出多種極性內(nèi)源性代謝物,,并繪制相關(guān)代謝網(wǎng)絡(luò),提供組織微區(qū)分布的圖譜,。還將多種功能性小分子(例如核苷酸,、多胺、肌酸,、神經(jīng)酰胺代謝物)含量分布可視化,。山西空間代謝組學(xué)公司空間代謝組學(xué):一種高靈敏、高覆蓋質(zhì)譜成像技術(shù)新技術(shù),。

通過空間代謝組學(xué)測量了四種轉(zhuǎn)基因小鼠模型(肺*(LC),、RCC、HCC和T-ALL)中甘油磷脂(GPs)的含量,,發(fā)現(xiàn)在不同的**中,,MYC誘導(dǎo)改變了磷酸酰甘油(PGs)的豐度(圖 4A),,能夠增加了大多數(shù)PG物質(zhì),。MYC失活后,PG豐度恢復(fù)到基礎(chǔ)水平(圖 4B),。PGs由磷脂酸(PA)通過向3-磷酸甘油中添加兩種FA形成,,因此,PG誘導(dǎo)可以建立在MYC促進(jìn)的FA增加的基礎(chǔ)上,。然而,,在體內(nèi)PGs相對于其他GPs的相對優(yōu)先合成,這意味著MYC有除FA合成之外的其他方式調(diào)節(jié)脂肪生成,。

空間代謝組學(xué)能夠在復(fù)雜的EA微環(huán)境中區(qū)分組織類型,,本文作者使用兩個隊列對食管腺*的甘油磷脂特征進(jìn)行了表征。**初運(yùn)用空間代謝組學(xué)對連續(xù)患者的成對手術(shù)切除活檢(EA和MHEE)進(jìn)行甘油磷脂差異分析,;(樣本策略)選擇這種取樣方法的目的是為了進(jìn)行手術(shù)切緣分析,,并通過取樣更大的樣本來克服**的區(qū)域代謝組學(xué)差異。接下來,,采用內(nèi)窺鏡活檢對第二組人群進(jìn)行采樣,。這樣就可以從健康的志愿者和Barrett化***育不良的患者身上獲得標(biāo)本。這樣還使作者能夠驗(yàn)證***個隊列的發(fā)現(xiàn),,調(diào)查該技術(shù)在小樣本上的表現(xiàn),,并演示在內(nèi)鏡套件中促進(jìn)診斷的第二次臨床應(yīng)用??臻g代謝組具有覆蓋范圍廣,靈敏度高,動態(tài)范圍寬,。

空間代謝組學(xué)研究作者對P493-6B細(xì)胞淋巴瘤系(BCL)進(jìn)行了全基因組表達(dá)譜、核突變和ChIP分析,發(fā)現(xiàn)MYC誘導(dǎo)增加了包括ACLY,、ACACA,、FASN和SCD1及其相關(guān)蛋白在內(nèi)的脂肪酸(FA)合成基因的mRNA表達(dá),在MYC誘導(dǎo)的肝細(xì)胞*(HCC),、急性白血?。═-ALL)和腎細(xì)胞*(RCC)的三種體內(nèi)轉(zhuǎn)基因小鼠模型中也有類似表達(dá)。還發(fā)現(xiàn)MYC與這些FA合成基因的啟動子結(jié)合并啟動mRNA轉(zhuǎn)錄,,如甲羥戊酸和膽固醇途徑基因的啟動子,。為了了解MYC和SREBP1之間的相互作用,作者首先,,對這兩種蛋白進(jìn)行ChIP和re-ChIP分析,,證明MYC和SREBP1都可以發(fā)現(xiàn)與FA合成基因啟動子中的相同DNA分子結(jié)合(圖1)。SREBP1的敲低也降低了FA合成基因的表達(dá),,但不降低MYC基因的表達(dá),。其次,ChIP的MYC與啟動子結(jié)合,,不僅調(diào)節(jié)FA合成基因的表達(dá),,還調(diào)節(jié)糖酵解和谷氨酰胺分解基因的表達(dá)。因此,,MYC似乎會依次調(diào)節(jié)參與脂質(zhì)合成的基因:首先誘導(dǎo)葡萄糖和谷氨酰胺,,然后誘導(dǎo)FA合成相關(guān)基因。通過RNA測序(RNA-seq)發(fā)現(xiàn),,增加MYC水平會引起糖酵解,、谷氨酰胺分解和FA合成。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法,。山西空間代謝組學(xué)公司

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