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北京空間代謝組學概念

來源: 發(fā)布時間:2023-04-06

空間代謝組學:在大鼠腦繪制特定區(qū)域分布的極性代謝物圖譜使用AFADESI-MSI在正離子和負離子模式下分別獲得298個和372個微區(qū)輪廓清晰的代謝物離子圖像,。使用精確分子量并結(jié)合同位素豐度,通過人類代謝組數(shù)據(jù)庫(HMDB)對離子圖像進行識別,,鑒定出多種內(nèi)源極性代謝物,,包括氨基酸、核苷酸或核苷,、碳水化合物,、脂肪酸和神經(jīng)遞質(zhì)等。***系統(tǒng)(CNS)的特定功能和特定解剖區(qū)域相關,。例如,,乙酰膽堿在大腦皮層中高度表達,;γ-氨基丁酸是一種抑制性神經(jīng)遞質(zhì),其在大腦皮層的信號強度較低,,在中腦,、嗅球和下丘腦中的濃度較高??臻g代謝組通過質(zhì)譜成像技術,。北京空間代謝組學概念

AFADESI-MSI空間代謝組學:1、已落地執(zhí)行項目100+,,其中包括藥物在組織中的分布,、多種疾病類型和不同處理手段下組織中代謝物的空間成像檢測。2,、檢測組織樣本類型20+,。高準性的定性算法通過物質(zhì)表達空間情況、加和離子及同位素峰表達強度相似性,、同位素表達空間分布相似性進行初步代謝物注釋,,并可基于專屬物種組織類型數(shù)據(jù)庫或非靶質(zhì)譜數(shù)據(jù)基礎上在初步注釋結(jié)果基礎上進一步獲得更加準確定性的結(jié)果。已形成心,、肝,、腦等多個組織的空間代謝組專屬數(shù)據(jù)庫。廣西植物冷凍切片與空間代謝組學空間代謝組技術原理 ,。

AFADESI-MSI空間代謝組學:中文標題:一種基于分子組織學的高靈敏高覆蓋質(zhì)譜成像方法用于檢測功能性代謝物研究對象:大鼠腎臟,,大鼠腦和人食道*組織發(fā)表期刊:AdvancedScience影響因子:16.806運用生物技術:AFADESI-MSI空間代謝組學2018年11月中國醫(yī)學科學院藥物研究所再帕爾·阿不力孜教授、賀玖明研究員課題組在Advanced Science發(fā)表的研究論文,,通過優(yōu)化的空氣動力輔助解吸電噴霧質(zhì)譜成像(AFADESI-MSI)技術,,繪制了生物樣本中超過1500種代謝物的空間分布圖譜,將功能代謝物的時空變化與組織結(jié)構(gòu)和生物功能聯(lián)系起來,。本研究開發(fā)了一種靈敏且覆蓋度廣的AFADESI-MSI方法,,用于原位分析組織上的代謝物并發(fā)現(xiàn)特異性生物標志物。通過非靶向分析,,在大鼠腦,、腎臟和人食道*組織中觀察到數(shù)千種代謝物,為分子組織學研究提供了有力的分析工具,。

空間代謝組學研究作者對P493-6B細胞淋巴瘤系(BCL)進行了全基因組表達譜,、核突變和ChIP分析,發(fā)現(xiàn)MYC誘導增加了包括ACLY,、ACACA,、FASN和SCD1及其相關蛋白在內(nèi)的脂肪酸(FA)合成基因的mRNA表達,在MYC誘導的肝細胞*(HCC),、急性白血?。═-ALL)和腎細胞*(RCC)的三種體內(nèi)轉(zhuǎn)基因小鼠模型中也有類似表達,。還發(fā)現(xiàn)MYC與這些FA合成基因的啟動子結(jié)合并啟動mRNA轉(zhuǎn)錄,如甲羥戊酸和膽固醇途徑基因的啟動子,。為了了解MYC和SREBP1之間的相互作用,,作者首先,對這兩種蛋白進行ChIP和re-ChIP分析,,證明MYC和SREBP1都可以發(fā)現(xiàn)與FA合成基因啟動子中的相同DNA分子結(jié)合(圖1),。SREBP1的敲低也降低了FA合成基因的表達,但不降低MYC基因的表達,。其次,,ChIP的MYC與啟動子結(jié)合,不僅調(diào)節(jié)FA合成基因的表達,,還調(diào)節(jié)糖酵解和谷氨酰胺分解基因的表達。因此,,MYC似乎會依次調(diào)節(jié)參與脂質(zhì)合成的基因:首先誘導葡萄糖和谷氨酰胺,,然后誘導FA合成相關基因。通過RNA測序(RNA-seq)發(fā)現(xiàn),,增加MYC水平會引起糖酵解,、谷氨酰胺分解和FA合成??臻g代謝組性價比高.擁有專業(yè)技術團隊,。

以上結(jié)果表明,AFADESI-MSI方法可以直接檢測極性代謝產(chǎn)物,,并具有高特異性,,能呈現(xiàn)其在大腦微區(qū)分布的圖像。3.在大鼠腦中繪制微區(qū)代謝網(wǎng)絡圖要了解大腦的結(jié)構(gòu)區(qū)域發(fā)生的復雜代謝過程,,不僅應準確表征代謝物,,還要研究其相關性。從大鼠腦微區(qū)中提取代謝譜進行代謝網(wǎng)絡重建,。從15個微區(qū)提取的MSI數(shù)據(jù)進行峰挑選和峰對齊(圖1F),,包括松果體、中腦導水管,、腦橋,、梨狀皮質(zhì)、延髓,、丘腦,、紋狀體、海馬,、胼胝體,、嗅球,、大腦皮層、小腦皮層,、穹窿,、小腦延髓和丘腦??臻g代謝組學又有什么用呢,?。重慶空間代謝組學是什么

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通過空間代謝組學測量了四種轉(zhuǎn)基因小鼠模型(肺*(LC),、RCC、HCC和T-ALL)中甘油磷脂(GPs)的含量,,發(fā)現(xiàn)在不同的**中,,MYC誘導改變了磷酸酰甘油(PGs)的豐度(圖 4A),能夠增加了大多數(shù)PG物質(zhì),。MYC失活后,,PG豐度恢復到基礎水平(圖 4B)。PGs由磷脂酸(PA)通過向3-磷酸甘油中添加兩種FA形成,,因此,,PG誘導可以建立在MYC促進的FA增加的基礎上。然而,,在體內(nèi)PGs相對于其他GPs的相對優(yōu)先合成,,這意味著MYC有除FA合成之外的其他方式調(diào)節(jié)脂肪生成。北京空間代謝組學概念

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