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10x空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-03

空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些,?廣義上講,現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類:用于空間重建的計(jì)算策略和組學(xué)實(shí)驗(yàn)的組合,,使用激光捕獲顯微切割(LCM)結(jié)合高通量進(jìn)行直接測(cè)量,使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ,,以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量,。每種方法都有其優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)??臻g重構(gòu)的計(jì)算策略:這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì),,從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,,這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局,。基于LCM的方法:基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,,盡管其通量很低,,但是在可以標(biāo)記成千上萬(wàn)個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前,將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中,,可能具有一定價(jià)值,。基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué):基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域,,但也存在一些問(wèn)題,,例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞,??臻g條形碼加高通量:費(fèi)用較高且無(wú)法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng),但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成,。10x空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案,。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中,從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況,,同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息,。空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù),,涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,,例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì),、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容,。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素,處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗,。廣西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么10X Genomics 繼單細(xì)胞測(cè)序后也推出了空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),。

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上,。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息,。組織切片成像,以檢索組織學(xué)信息,。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置,。空間轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot,,這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾,。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤(pán),帶有相同身份條形碼(barcode)的探測(cè)位于同一個(gè)正方形中,。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來(lái)源,。組織切片固定。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺(jué)可檢測(cè)框架,。

 **近,,空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究炙手可熱。細(xì)胞及其在組織樣本中的相對(duì)位置之間的關(guān)系對(duì)于理解疾病病理可能至關(guān)重要,??臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一項(xiàng)開(kāi)創(chuàng)性的技術(shù),它使科學(xué)家能夠測(cè)量組織樣本中的所有基因活性,,并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖,。該技術(shù)已經(jīng)導(dǎo)致了新發(fā)現(xiàn),這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科學(xué)家更好地了解生物過(guò)程和疾病,。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于**,、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向,。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),,致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破,??臻g轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失。

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些,?一,、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質(zhì)性:同時(shí)了解患病組織中的細(xì)胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)問(wèn)題。在不同的環(huán)境下,,明智地選擇這些方法在生物學(xué)研究中也是至關(guān)重要的,,例如在神經(jīng)科學(xué)中,基于FISH的方法很普遍,;基于LCM的方法適用于小樣本(例如臨床樣本)以及整個(gè)轉(zhuǎn)錄組或基因組分析,。二、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜:借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué),,建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟,。目前的多項(xiàng)研究通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù),得到多個(gè)***的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜(相關(guān)研究后續(xù)會(huì)在如下專輯更新),。許多當(dāng)前時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來(lái)的幾十年間建立的,。應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

研究通過(guò)對(duì) ALS 小鼠疾病進(jìn)程(癥狀前、發(fā)病,、癥狀期和終末期)的脊髓組織進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。10x空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟A,。切片制備和優(yōu)化:取新鮮組織,、冷凍、切片,,并進(jìn)行HE染色成像,,優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域??臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟B,。切片固定和透化:將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,并進(jìn)行固定和透化,,使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放,,并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上,從而獲取基因表達(dá)信息,??臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫(kù)構(gòu)建:以捕獲的 RNA 為模板,進(jìn)行 cDNA 合成,,和測(cè)序文庫(kù)制備,。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟d,。高通量上機(jī)測(cè)序:對(duì)制備好的測(cè)序文庫(kù),,進(jìn)行二代高通量短讀長(zhǎng)測(cè)序??臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟e,。數(shù)據(jù)可視化分析:結(jié)合HE結(jié)果,確定哪些基因有表達(dá),,表達(dá)量高低,,以及這些基因的空間位置信息。10x空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司是一家檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù),。(依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,,經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng),具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn))一般項(xiàng)目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā),,醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品)的研發(fā)、銷售,,儀器儀表的銷售,,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),,會(huì)務(wù)服務(wù),,企業(yè)管理咨詢。的公司,,致力于發(fā)展為創(chuàng)新務(wù)實(shí),、誠(chéng)實(shí)可信的企業(yè)。公司自創(chuàng)立以來(lái),,投身于科研服務(wù),,科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,,技術(shù)咨詢,,是醫(yī)藥健康的主力軍。歐易生物不斷開(kāi)拓創(chuàng)新,,追求出色,,以技術(shù)為先導(dǎo),,以產(chǎn)品為平臺(tái),以應(yīng)用為重點(diǎn),,以服務(wù)為保證,,不斷為客戶創(chuàng)造更高價(jià)值,提供更優(yōu)服務(wù),。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè),。滿足市場(chǎng)需求,提高產(chǎn)品價(jià)值,,是我們前行的力量,。