空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2,。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對(duì)組織進(jìn)行滲透,，這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過(guò)這些通道離開細(xì)胞,，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合,。因此，基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上,。需要通過(guò)以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲(chǔ)的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù),。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的,，因?yàn)閏dna - rna -雜交體的降解速度很快,。此外，這是構(gòu)建可測(cè)序文庫(kù)之前的必要步驟,。所有之前收集的信息都被匯集起來(lái),，可以在線訪問。這意味著在實(shí)踐中,，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域,。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此,，你可以在一個(gè)單一的實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行新分析,。HE 染色適用于空間轉(zhuǎn)錄組的組織學(xué)呈現(xiàn)方法。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的如火如荼,，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的蓬勃發(fā)展,，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域,，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐,。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評(píng)為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展,，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評(píng)為年度技術(shù)進(jìn)展，相信在接下來(lái)的時(shí)間里,，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn),。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供詳實(shí)的每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息，但是缺失了來(lái)源組織的空間組成信息?，F(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供了完整的組織空間位置信息,，但是每個(gè)捕獲spot的信息無(wú)法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個(gè)左右細(xì)胞）。因此,，這兩個(gè)技術(shù)的存在是天然互補(bǔ)的,，而將兩者的結(jié)合也是水到渠成，完美結(jié)合,。黑龍江應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過(guò)程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化,。

第二，數(shù)據(jù)庫(kù)的建立,。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng),，但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。第三,，研究物種及組織的多樣化,。在當(dāng)前時(shí)代，除 LCM 之外,，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后。對(duì)除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化,，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景,。第四，集成度高,、交互性強(qiáng),、易擴(kuò)展、文檔信息完善的開源工作流程的開發(fā),。該類工具的開發(fā)將簡(jiǎn)化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析,。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的重要是根據(jù)每個(gè)芯片上每個(gè)spot的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類，然后將spot根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上,，同時(shí)可以對(duì)每個(gè)gene在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位,。獲得測(cè)序數(shù)據(jù)后，首先利用Space Ranger 軟件可以自動(dòng)化的對(duì)圖像進(jìn)行處理,、數(shù)據(jù)比對(duì)和Barcode處理,。另外一個(gè)軟件Loupe Cell Browser是一個(gè)適用于Windows和MacOS的桌面應(yīng)用程序，它可以快速,、輕松地可視化和分析10X Visium數(shù)據(jù),。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破,?？臻g轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片,、固定,、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息,。

有哪些技術(shù)手段可以進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組研究,？已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大,，或是存在有效測(cè)序深度不足等問題,。10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前較好的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中,，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況,，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在進(jìn)行 HE 染色的同時(shí)需要保證獲取組織基因表達(dá)信息,。河南技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

分享歐易生物在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn),，助力各位科研工作者取得新的突破。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個(gè)芯片上每個(gè) spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類,，然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上,，同時(shí)可以對(duì)每個(gè) gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測(cè)序數(shù)據(jù)后,，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動(dòng)化的對(duì)圖像進(jìn)行處理,、數(shù)據(jù)比對(duì)和 Barcode 處理。另外一個(gè)軟件 Loupe Cell Browser 是一個(gè)適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序,，它可以快速,、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司總部位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢,，是一家檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng),，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā),，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售,，儀器儀表的銷售,，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),，會(huì)務(wù)服務(wù),，企業(yè)管理咨詢。的公司,。歐易生物作為檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng),，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體,、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā),、銷售,，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢,、技術(shù)服務(wù),，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢,。的企業(yè)之一,，為客戶提供良好的科研服務(wù)，科研檢測(cè),，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢。歐易生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,，既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長(zhǎng),，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域，實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破,。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè),。滿足市場(chǎng)需求，提高產(chǎn)品價(jià)值,，是我們前行的力量,。