Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測試過很多組織類型,，絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析,。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表，測試過的組織都可以運用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面,。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前,，務必用組織優(yōu)化的玻片測試一下，看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實驗,，同時也找到比較好的組織通透時間,。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外,。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破,。轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取,，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術。山東空間轉(zhuǎn)錄組領域

一些實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學的重要技術,，**早可以追溯到二十世紀七十年代,，長期以來，各種形式的原位雜交技術（ISH）已用于可視化空間中的基因表達,。從技術原理中不難看出,，空間轉(zhuǎn)錄組技術**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原位測序,， 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段,，**終獲得空間轉(zhuǎn)錄組信息。根據(jù)測序鏈接策略的不同（SOLiD,，cPAL和SEDAL）,，基于 SBL 的原位測序技術方法的代表性技術分別為 FISSEQ，ISS，STARmap,。上海什么是空間轉(zhuǎn)錄組歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務,，助力各位科研工作者取得新的突破,。

空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達情況與關注的組織切片的免疫化學染色圖像進行整合，從而將組織內(nèi)不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去,，進而直接觀測組織中不同部位功能區(qū)基因表達的差異,。空間轉(zhuǎn)錄組技術利用了常規(guī)的原位技術和組學技術兩方面的優(yōu)勢,。目前已發(fā)表的關于空間轉(zhuǎn)錄組技術有主要有 Spatial Transcriptomics, Slide-seq, LCM-seq, seqFISH, MERFISH, Liver single cell zonation, Geo-seq 和 Tomo-seq, 涉及物種有人,、小鼠、果蠅,、秀麗隱桿線蟲,、斑馬魚、擬南芥,、楊樹和云杉等,。

第二，數(shù)據(jù)庫的建立,。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成。第三,，研究物種及組織的多樣化,。在當前時代，除 LCM 之外,，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學研究相對滯后。對除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術現(xiàn)代化,，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學地圖集提供廣闊的前景,。第四，集成度高,、交互性強,、易擴展、文檔信息完善的開源工作流程的開發(fā),。該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的整合和分析,。空間轉(zhuǎn)錄組技術重點為特殊的載玻片,。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術,，與bulk RNA-seq或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息,。已發(fā)表的關于空間轉(zhuǎn)錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq,。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題,。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點,，近年來關于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術開發(fā)，還是大規(guī)模應用或商業(yè)化,，都得到蓬勃發(fā)展,。

早期空間轉(zhuǎn)錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選。黑龍江發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組學技術主要包括 MERFISH 和 seqFISH,。山東空間轉(zhuǎn)錄組領域

來自10X公司的Visium空間基因表達解決方案,，提供了分析空間整體轉(zhuǎn)錄組的方法。通過將總mRNA基因表達數(shù)據(jù)與形態(tài)H&E染色的圖像相疊加,，利用Visium,，研究人員可以從整個組織切片和各種各樣的樣本類型中獲得整個轉(zhuǎn)錄組高通量基因表達分析結果。該解決方案使研究人員能夠揭示正常和患病組織的生物學結構,，并發(fā)現(xiàn)新的組織生物標志物,。空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的**是根據(jù)每個芯片上每個spot的基因表達信息進行聚類,，然后將spot根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上,，同時可以對每個gene在組織上表達的空間位置進行定位。山東空間轉(zhuǎn)錄組領域

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