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烈冰單細胞測序百萬通量平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-06-17

烈冰科技作為國內率先同時擁有10X Genomics和BD Rhapsody雙分選平臺的測序服務商及云計算服務供應商,,經過多年實戰(zhàn),擁有豐富的單細胞懸液制備和分選經驗,,實測BD Rhapsody對能夠高效捕獲粒細胞,。針對不同的分選平臺、建庫方法,,實戰(zhàn)總結搭建出不同的數(shù)據(jù)預處理工作流程,;烈冰科技NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)平臺能有效支撐生命科學研究、醫(yī)療健康等領域對大數(shù)據(jù)分析的需求,。高通量測序實驗平臺,,包括NovaSeq 6000、10X Chromium X,、BD FACSMelody,、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等,,配合一支來自海內外名校,、多學科交叉型的高素質綜合團隊,為您的科學研究保駕護航,。烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細胞測序服務,。烈冰單細胞測序百萬通量平臺

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測序技術(massive parallel analysis,MPS),,使測序通量和讀取速度得到極大提升,,例如Illumina Solexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建,、簇生成,、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源,;2)Adapter,,用于結合測序通道上的位點;3)Primer binding site,用于結合PCR引物啟動擴增反應,。單細胞測序數(shù)據(jù)分析培訓班烈冰單細胞多組學測序助您探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征,。

多樣本數(shù)據(jù)合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率,。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量,、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷,、結果可視化,、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,,加速科研進程,!

相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細胞量,,這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型,。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術,,使得其對于NovaSeq,、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設備存在的Index hooping現(xiàn)象,,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網站曾給出hooping測試結果,顯示無影響,。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,,針對不同平臺的數(shù)據(jù),,制定多套流程;

Fluidigm C1平臺作為應用于單細胞測序(Single Cell RNA Sequencing)領域的商業(yè)化分選技術,,基于富魯達(Fluidigm?)的微流控技術,,大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,進行各類的Single-Cell測序建庫。當然,,通量還是比較小,。但不可否認的是,現(xiàn)在很多非RNA類Single Cell測序,,仍然在采用這樣的技術,,如Single Cell DNA-Seq,Single Cell ATAC-Seq等,,都是采用此技術進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫,。所以可以說,至少在10X和BD,,或者其他企業(yè)推出有效的Single DNA測序技術之前,,C1仍然會是市場上的重要組成部分。深度的單細胞測序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時代,。青島單細胞測序百萬通量平臺

豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經驗,,烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務,。烈冰單細胞測序百萬通量平臺

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析,。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,,無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,,在保留組織形態(tài)結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性,。烈冰單細胞測序百萬通量平臺

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,,是一家服務型公司。公司業(yè)務分為單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,,單細胞多組學測序等,,目前不斷進行創(chuàng)新和服務改進,為客戶提供良好的產品和服務,。公司注重以質量為中心,,以服務為理念,秉持誠信為本的理念,,打造醫(yī)藥健康良好品牌,。烈冰生物秉承“客戶為尊、服務為榮、創(chuàng)意為先,、技術為實”的經營理念,,全力打造公司的重點競爭力。