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天津高通量測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-06-20

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,,小心得不償失,原因在這:單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過降維(pca),,無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時(shí),,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會(huì)對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,特別是很多高分文章,,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),,數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺(tái)滿足超深度,、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測序。天津高通量測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

單細(xì)胞獲得困難,,不同組織要求不盡相同難以搞定,? 烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn),100+組織類型解離protocol,,精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離,、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系,確保單細(xì)胞的獲得,。 凍存樣本無法實(shí)驗(yàn),,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù),,確保凍存組織使用,。 珍貴樣本,細(xì)胞數(shù)量太少,,消化背景雜無法做單細(xì)胞,? 采用國際認(rèn)可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺(tái)模式,,根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少,,背景雜也能做單細(xì)胞。 單細(xì)胞RNA分類精度不足,,部分細(xì)胞無法細(xì)分,? 烈冰同時(shí)采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),真正做到從上游到下游的全流程檢測,,確保超高的細(xì)胞分類精度,。長沙10X Chromium X單細(xì)胞測序百萬通量平臺(tái)烈冰生物首批引進(jìn) Chromium X 平臺(tái),開啟百萬級通量單細(xì)胞測序新時(shí)代,。

現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別,。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺(tái)。在這個(gè)空間,,單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放,,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引,以便下游識(shí)別?,F(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引,,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺(tái)采用動(dòng)態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理),。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,,其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞,,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),,將之輸入到第二縱向孔道,,即油相孔道中。這時(shí)候,,就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中,。每一個(gè)油滴中會(huì)落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠,那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,,再加上一端PolyT的抓手,,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會(huì)使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫,。

單細(xì)胞測序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性,、免疫微環(huán)境,、發(fā)育學(xué)、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題,。這樣一個(gè)新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控,。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對單細(xì)胞測序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證,。繼單細(xì)胞懸液制備之后,,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細(xì)胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果,。烈冰引進(jìn)國際主流單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺(tái),,保障細(xì)胞精度的前提下提供組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息。

單細(xì)胞測序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量,,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求,首先針對下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細(xì)胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,,不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果,,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會(huì)變得極為重要,。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,,即堿基測序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30,。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,,為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ),。單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,。天津高通量測序單細(xì)胞測序服務(wù)

全線搭建10x Genomics單細(xì)胞測序平臺(tái),。天津高通量測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義,;從操作便捷、結(jié)果可視化,、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程,!此外,,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件,。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您,!天津高通量測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,,現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì),各種專業(yè)設(shè)備齊全,。在烈冰生物近多年發(fā)展歷史,,公司旗下現(xiàn)有品牌NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造等。公司不僅*提供專業(yè)的生物科技,、醫(yī)藥科技,、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研,、民意調(diào)查,、民意測驗(yàn)),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī),、軟件及耗材(除專控),,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)】,,同時(shí)還建立了完善的售后服務(wù)體系,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù),。誠實(shí),、守信是對企業(yè)的經(jīng)營要求,也是我們做人的基本準(zhǔn)則,。公司致力于打造***的單細(xì)胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序,。