當蜂巢孔內同時落入細胞和磁珠后,接下去可以往BDCartridge板中加入細胞裂解液對細胞進行裂解,使細胞內的RNA與磁珠上的標簽進行結合,完成每個細胞內RNA的捕獲和標記,。這時,再將捕獲了RNA的磁珠進行回收,,待所有質控結果確認通過后就可以進行后續(xù)的RNA反轉錄,、cDNA第二鏈合成等實驗操作。而BDCartridge板則需要再進行一次成像,,獲得磁珠收集后的掃描圖,,判斷磁珠是否已經被有效收集。根據(jù)每一步的質控結果,,烈冰科技(NovelBio)單細胞測序實驗團隊會根據(jù)單細胞分選的實驗結果生成實驗總結報告,,判斷每一步驟是否通過質控,并得到捕獲的單細胞數(shù)量以及雙細胞比例,,對整個實驗進行總結評估,。若所有過程通過質控,實驗樣本即可進行下一步實驗操作,。單細胞轉錄組技術在多個研究領域都發(fā)揮了重要的推進作用,,揭示了組織中微量的細胞類型和基因表達特征。成都上海烈冰生物單細胞多組學商業(yè)化服務
reads數(shù),、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞,、100G的測序量為標準,,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,,例如成熟的B,,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,,導致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織,、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1萬,,這就導致該類樣本基因中位數(shù)非常高,。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,,需要考察實際組織的細胞組成。濟南上海烈冰生物單細胞多組學測序烈冰科技已建立了基于單細胞測序的高通量測序實驗多平臺,。
相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,,BD和10X這兩個平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1-6K不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型,。因此,,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,,都會更實用,。同時依托RandomCellLabel技術,使得其對于NovaSeq,、HiSeqXTen,、Hiseq4000等設備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,,影響幾乎可以忽略不計(10XGenomics官方網站曾給出hooping測試結果,,顯示無影響。
烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,,可實現(xiàn)零代碼操作,、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作,。簡單拖拽,、設置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎用戶也可以運用自如,;可視化展示海量結果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),,UMI數(shù)量,、線粒體RNA占比信息,;以及不同Cluster對應的細胞數(shù)量、基因表達量,、RNA表達量、樣本細胞分布,、線粒體RNA表達量等,;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖,、UMAP圖和pseudotime結果進行三維立體展示,,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。單細胞測序技術遍地開花,,烈冰服務讓您的生物醫(yī)學研究如虎添翼,。
多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率,。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量,、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深入解讀數(shù)據(jù)分析結果,,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷,、結果可視化,、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,,加速科研進程,!單細胞多組學數(shù)據(jù)整合的一大挑戰(zhàn)在于不同組學的特征空間存在差異。成都BD單細胞多組學技術支持
單細胞多組學對不同組學技術產生的數(shù)據(jù)進行整合分析有助于更刻畫細胞內的基因調控狀態(tài),、揭示調控機制,。成都上海烈冰生物單細胞多組學商業(yè)化服務
基因測序是基因檢測的方法之一,其又叫基因譜測序,,是國際上公認的一種基因檢測標準,。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定,,被稱為下一代測序技術(nextgenerationsequencing),,足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,,所以又被稱為深度測序(deepsequencing),?;驕y序相關產品和技術已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,可以說,,基因測序技術將是下一個改變世界的技術,。成都上海烈冰生物單細胞多組學商業(yè)化服務
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司總部位于江月路999號奇亞特中心22幢,是一家生物科技,、醫(yī)藥科技,、信息科技、計算機科技領域內的技術開發(fā),、技術服務,、技術轉讓、技術咨詢,,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研,、民意調查,、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,,計算機,、軟件及耗材(除專控),,軟件開發(fā)【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】的公司,。烈冰生物擁有一支經驗豐富,、技術創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團隊,以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,。烈冰生物致力于把技術上的創(chuàng)新展現(xiàn)成對用戶產品上的貼心,,為用戶帶來良好體驗。烈冰生物始終關注醫(yī)藥健康行業(yè),。滿足市場需求,,提高產品價值,是我們前行的力量,。