空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點陣的分群與定義,；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價值,。每一個部分都不可或缺，其結(jié)果都對后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響,。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的,，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計。右端普遍為捕獲的RNA序列,。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可,，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后,，采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續(xù)分析,，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。國產(chǎn)化PanoCell空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺,，提供高性價比服務(wù)方案,。重慶高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組測序價格

空間轉(zhuǎn)錄組測序在病理學(xué)中，通過添加基因表達維度,，得出形態(tài)學(xué)結(jié)論,，通過觀察基因表達區(qū)域，了解可能發(fā)生假陰性/假陽性的位置; 在免疫學(xué),，研究免疫細(xì)胞浸潤,、不同區(qū)域的免疫細(xì)胞中的基因表達特征；免疫群體擴散,、不同類型免疫細(xì)胞的空間位置解析,； 在神經(jīng)科學(xué)，研究大腦皮層層狀組織解析,，揭示大腦皮層的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系,，正常vs.疾病大腦結(jié)構(gòu)特征分析與疾病相關(guān)的基因表達于特定的大腦皮層,； 在發(fā)育生物學(xué)，通過解析每個發(fā)育階段不同解剖區(qū)域特有的基因表達特征,，解析組織中與形態(tài)形成相關(guān)基因,；豐富基因表達的空間注釋信息，創(chuàng)建組織發(fā)育的空間細(xì)胞圖譜,。西安空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序空間轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況,，揭示精細(xì)病理區(qū)域的信號通路。

為同時獲得空間表達和組織學(xué)背景信息,，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學(xué)染色和成像,，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題,，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進行mRNA捕獲,。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列,，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列,。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解,。組織透化后,，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲,，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上,。攜帶空間Barcode的探針序列用于進行測序文庫構(gòu)建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上,，UMI用于基因表達定量,。

基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍，保證過程中足夠的測序深度,。測序時使用特殊標(biāo)記的dNTP：1）堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,，用于區(qū)分ATCG；2）3端使用疊氮基團封閉,，保證一次循環(huán)只上一個dNTP,。每一輪循環(huán)結(jié)束時，會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,，再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,，開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點的熒光,，實時獲取模版鏈的堿基序列,。由于過程中使用的化學(xué)反應(yīng)并不可控，隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況，因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右,。強勢發(fā)文,！烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。

當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時,，通過透化處理,，細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲,。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,，可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置,。Visium空間轉(zhuǎn)錄組的重點在于芯片部分：正式文庫構(gòu)建的芯片上有4個捕獲區(qū)域（6.5mmX6.5mm，可以檢測4個樣本）每個捕獲區(qū)域含有約5000個被條形碼標(biāo)記的點（barcodedspots）每個spot直徑55μm,，每個spot能捕獲1-10個細(xì)胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結(jié)合的捕獲探針,，每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes,，用以標(biāo)記捕獲的mRNA的空間位置,。空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)遍地開花,，烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼,。武漢高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析

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RNA測序（RNA-seq）是轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的重要工具,，也是生命科學(xué)領(lǐng)域常用的技術(shù)之一。相比于傳統(tǒng)通路研究低維度,、低通量的局限性,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)有以下優(yōu)勢：1）能夠動態(tài)考察細(xì)胞基因組的表達，多維度地反映差異變化,；2）可用于研究占RNA絕大部分的非編碼RNA,，研究其結(jié)構(gòu)以及在細(xì)胞生命活動中的重要調(diào)控作用；3）與蛋白組學(xué)研究相互補充,，多角度呈現(xiàn)細(xì)胞水平的變化信息,。作為轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的技術(shù)基礎(chǔ)，RNA測序技術(shù)也在不斷地更新迭代,，現(xiàn)如今更大通量,、更深精度的測序為眾多科研和醫(yī)學(xué)工作者提供了豐富的工具和探索真理的手段。重慶高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組測序價格

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