為同時獲得空間表達(dá)和組織學(xué)背景信息,，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進(jìn)行組織學(xué)染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進(jìn)行表達(dá)定量,。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題,，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達(dá)解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進(jìn)行mRNA捕獲。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交,。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列,，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接,，而mRNA被RNase降解,。組織透化后，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode,、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲,，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上。攜帶空間Barcode的探針序列用于進(jìn)行測序文庫構(gòu)建和測序,。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上,，UMI用于基因表達(dá)定量。烈冰對于一個細(xì)胞群體中的每個細(xì)胞單獨進(jìn)行建庫測序分析,。青島上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰生物生信分析團(tuán)隊緊追國際前沿,、整合添加多項國際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具，構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程,；精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,，可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測序分析結(jié)果，詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),。完成從Rawdata（原始數(shù)據(jù)）到Spot-Gene的具有定位信息的表達(dá)矩陣的過程后,，就進(jìn)入了空轉(zhuǎn)的第二步，去進(jìn)行Spot的Cluster的過程,，熟悉單細(xì)胞測序的研究者知道,，Cluster在單細(xì)胞測序中往往表示為細(xì)胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細(xì)胞是一個Celltype（當(dāng)然分情況也會有不同）,。而在空轉(zhuǎn)中,，也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性，導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類型,，而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點陣區(qū)域,，或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。南京scRNA空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)空間轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,，揭示精細(xì)病理區(qū)域的信號通路,。

烈冰生信團(tuán)隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,，可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便：單細(xì)胞瀏覽器的操作簡單,，不需要命令行操作,。簡單拖拽,、設(shè)置參數(shù)即可運行,，即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如,；可視化展示海量結(jié)果文件：可視化展示Cluster的基因數(shù),，UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息,；以及不同Cluster對應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量,、基因表達(dá)量,、RNA表達(dá)量,、樣本細(xì)胞分布,、線粒體RNA表達(dá)量等；3D立體展示,，文章動圖先人一步：單細(xì)胞瀏覽器針對t-SNE圖,、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示，更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況,。

烈冰與國內(nèi)高校,、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,，服務(wù)于600+臨床與研究機構(gòu),，1000+客戶和5000+重要科研項目，助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊（不完全統(tǒng)計）,，在單細(xì)胞領(lǐng)域,，烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇,，總IF＞300+,，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity,、NatureCellBiology,、NaturePlants、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊,，已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究,、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機制，免疫研究,、腦神經(jīng),、白血病、胚胎發(fā)育,、糖尿病,、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等,。空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,，為從多維度揭示疾病進(jìn)展提供了強有力的工具,。

烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)提供從一個組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá),。其可以檢測組織樣本中的所有基因活動,，并繪制活動發(fā)生的位置,，這將有助于科學(xué)家更好地構(gòu)建生物圖譜,，并進(jìn)一步理解疾病和生物學(xué)過程。目前,，空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病,、免疫,、發(fā)育,、神經(jīng)和病理學(xué)等研究領(lǐng)域,。烈冰生物具有專業(yè)的實驗團(tuán)隊,、豐富的切片經(jīng)驗,，配置了國際主流的儀器設(shè)備，實驗團(tuán)隊針對不同組織類型優(yōu)化完善實驗方案,，并制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實驗室SOP流程,，保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量，全優(yōu)保障測序數(shù)據(jù)質(zhì)量,。烈冰智造空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞捕獲,，媲美國際主流的單細(xì)胞平臺,。南京烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司

空間轉(zhuǎn)錄組測序因其強大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,，一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”,。青島上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

單細(xì)胞測序技術(shù)是一種在單細(xì)胞水平上對基因組,、轉(zhuǎn)錄組,、表觀組等進(jìn)行高通量測序分析的技術(shù)。單細(xì)胞測序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細(xì)胞間的異質(zhì)性,。單細(xì)胞水平細(xì)胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年Science 雜志評選的科學(xué)突破。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息,，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息,?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué),、神經(jīng)生物學(xué),、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器,。青島上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè)，技術(shù)力量雄厚,。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),，是一家有限責(zé)任公司（自然）企業(yè),。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,，致力于提供高質(zhì)量的單細(xì)胞測序,，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,，空間轉(zhuǎn)錄組測序,，單細(xì)胞多組學(xué)測序,。烈冰生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務(wù)的理念，打造高指標(biāo)的服務(wù),，引導(dǎo)行業(yè)的發(fā)展,。