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成都烈冰科技單細胞多組學技術(shù)支持

來源: 發(fā)布時間:2022-08-17

二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,,烈冰生物斥巨資購置的Novaseq6000測序儀的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建,、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源,;2)Adapter,,用于結(jié)合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,,用于結(jié)合PCR引物啟動擴增反應(yīng),。單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在多個研究領(lǐng)域都發(fā)揮了重要的推進作用,揭示了組織中微量的細胞類型和基因表達特征,。成都烈冰科技單細胞多組學技術(shù)支持

針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細胞數(shù)量,、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述,。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數(shù)據(jù)存在background值,。因此,,我們需要設(shè)定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10×Genomics為例,,細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點,,當存在多個斜率拐點的時候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾,。當斜率拐點低于UMI=500的時候,,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,,選擇和預(yù)期細胞數(shù)量非常接近的拐點作為細胞判斷的位置,。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。杭州single cell RNA單細胞多組學技術(shù)支持單細胞多組學對不同組學技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行整合分析有助于更刻畫細胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài),、揭示調(diào)控機制。

reads數(shù),、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞,、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右,;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,,例如成熟的B,T,,粒細胞數(shù)量較多的組織中,,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織,、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1萬,,這就導致該類樣本基因中位數(shù)非常高,。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,,需要考察實際組織的細胞組成,。

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),,先后經(jīng)歷基因芯片時代,、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭,。2018年以來,,單細胞測序進入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺,,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細胞技術(shù)的積累,,烈冰已具備大鼠,、小鼠、斑馬魚,、猴,、裸鼴鼠、水稻,、擬南芥等10+物種,,皮膚、腦,、胰腺,、脂肪、心臟,、花序等50+組織類型,,100+細胞類型,1000+靶標基因,,10000+樣本處理經(jīng)驗,。單細胞測序技術(shù)提供了單個細胞水平下的科學研究視角。

其實,,空間轉(zhuǎn)錄組的概念早就已經(jīng)存在了,,目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq,。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確,、基因和細胞檢測量的限制等問題,。10xGenomics公司升級spatialTranscriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉(zhuǎn)錄組測序方案,。烈冰科技自2020年起,,國內(nèi)率先搭建空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)平臺,聯(lián)合上線單細胞核轉(zhuǎn)錄組測序,、AbSeq,、單細胞TCR-Seq、單細胞ATAC-Seq(ARCHR測序),、空間轉(zhuǎn)錄組測序產(chǎn)品結(jié)合scRNA-Seq服務(wù),,多組學聯(lián)合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態(tài)變化的生物學信息,。烈冰生物為您提供貼心的單細胞研究完整解決方案,!為了能深入分析和理解細胞狀態(tài)和命運決定的機制, 將單細胞各組學技術(shù)結(jié)合在一起的單細胞多組學技術(shù)產(chǎn)生。武漢BD Rhapsody單細胞多組學測序價格

單細胞技術(shù)從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,,研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組,,擴展到了基因組、免疫組,、蛋白組等多組學水平,。成都烈冰科技單細胞多組學技術(shù)支持

SingleCellSequencing技術(shù),即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(shù)(NGS,,NextGenerationSequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了,,如何獲得單個細胞,?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細胞,?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,,如果被檢測的測序細胞數(shù)量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細胞,?單細胞測序成本非常高,,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,如果單個細胞的分選成本也很高,,技術(shù)根本無法普及,。所以,,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細胞測序應(yīng)用中的普及度一直不足,,直到幾個突破性技術(shù)的誕生。成都烈冰科技單細胞多組學技術(shù)支持

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè),技術(shù)力量雄厚,。公司致力于為客戶提供安全,、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),是一家有限責任公司(自然)企業(yè),。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,,致力于提供高質(zhì)量的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細胞多組學測序。烈冰生物將以真誠的服務(wù),、創(chuàng)新的理念,、***的產(chǎn)品,為彼此贏得全新的未來,!