ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測序分析的一種研究技術(shù),；該技術(shù)由美國斯坦福大學(xué)的研究人員開發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）,。通過轉(zhuǎn)座酶對特定時(shí)空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割,，獲得在該時(shí)空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應(yīng)用領(lǐng)域,，通常并不單獨(dú)使用,。作為檢測表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達(dá)譜緊密相連,，從靶標(biāo)基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達(dá)水平,，具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)挖掘作用。2.通過關(guān)聯(lián)基因組,、外顯子,，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測序信息，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達(dá)的完整調(diào)控鏈,。 在哺乳動物中CpG以兩種形式存在,。上海hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標(biāo)準(zhǔn)”方案,，***用于人,、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析,、基因調(diào)控分析,、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程,。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術(shù),，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個(gè)階段(Sperm,、Oocytes、Zygotes,、2-cell、8-cell,、Morula和ICM)的DNA甲基化動態(tài)變化過程,。******闡明了DNA甲基化動力學(xué)的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育,。 廣東ATAC技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺,。

    重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。除了全基因組甲基化測序技術(shù)等研究手段,，對于大樣本量甲基化研究來說,，更需要靈活、有針對性的技術(shù)方案,。NGS-BSP方法適合幾個(gè)到幾十個(gè)基因或者位點(diǎn)進(jìn)行大樣本甲基化測序或者驗(yàn)證項(xiàng)目,，具有更快速的實(shí)驗(yàn)周期及低成本優(yōu)勢。技術(shù)優(yōu)勢高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合,，單堿基分辨率適合幾個(gè)到幾十個(gè)位點(diǎn)的大樣本驗(yàn)證項(xiàng)目適合所有動物樣本,、周期快、檢測位點(diǎn)靈活,、性價(jià)比高科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解,、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取,、建庫測序,，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè),、有價(jià)值的建議,；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通,；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個(gè)區(qū)域/位點(diǎn)),；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150,；測序深度：>,。

Chip-Seq 是指通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段，并對其進(jìn)行純化和文庫構(gòu)建,；然后對富集得到的DN**段進(jìn)行高通量測序,，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白,、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息,，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段,，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾,、核小體定位等表觀遺傳學(xué)的研究提供有效方法,。

應(yīng)用領(lǐng)域

1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達(dá)的關(guān)系,。

2,、完成對轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精細(xì)定位。

3,、研究特定的核小體或組蛋白的分布,。 云生物提供測序服務(wù)。

    甲基化-焦磷酸測序（升級版）之前的儀器是Q96,，也就是說同時(shí)可以上96個(gè)反應(yīng),，但是有效讀長只有50bp左右（50bp之后開始衰減，后面的序列只能作為參考）,；升級版的Q48,，也就是48孔，每次上48個(gè)反應(yīng),，但有效長度可以到100bp左右,，而且之前很多不能測過去的特殊結(jié)構(gòu)，現(xiàn)在大部分也能測了,。甲基化--------焦磷酸測序的優(yōu)勢,。樣品要求·樣品類型細(xì)胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞,，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片,，DNA樣品請?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解，主帶清晰,，大于23Kb,，無明顯彌散。OD260/280值在～,，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后,，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中,，-80℃保存,。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好,。 5hmc是發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基,，成為哺乳動物的“第六堿基”。北京hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)售后分析

在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的,。上海hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    甲基化是表觀修飾的重要部分,，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象,、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達(dá),。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu),，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化,，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種,，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈,，使其完全甲基化,，參與DNA復(fù)制過程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶,，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾,，首先半甲基化，繼而全甲基化,，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細(xì)胞生長分化的調(diào)控,，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展,，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個(gè)Dnmt3a,，能夠通過dCas9介導(dǎo)特定位點(diǎn)的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達(dá),。 上海hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)