cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿,，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）,；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融,。三,、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰,。四、抽血要求1,、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管,，公司配送）,；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上,，不超過8小時,，進行血漿分離步驟。五,、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2,、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞,，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3,、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機,，也可以在室溫條件下進行,；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞,；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。 全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測,。山東6mA技術(shù)服務(wù)方案

    WGBS送樣要求一、送樣類型基因組DNA,、細胞,、全血、動植物組織,、FFPE二,、保存方式1、基因組DNA,、細胞,、全血、動植物組織：放-20℃冰箱中保存,，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間避免反復(fù)凍融。2,、FFPE樣本：室溫保存三,、運輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸,；2,、細胞、全血,、組織樣本：干冰運輸,，順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰,；3、FFPE樣本：室溫運輸,。四,、樣本量要求1、基因組DNA：常規(guī)WGBS,，不少于2ug,；微量WGBS，20ng1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等,；2）提取基因組DNA，要加RNA酶,，去除RNA污染,；3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度,，基于OD值的檢測方法,，例如NanoDrop,會嚴(yán)重高估濃度。2,、細胞樣本：常規(guī)WGBS,，不少于5x10*6個細胞；微量WGBS,，5000個細胞1）收集貼壁或者懸浮細胞,、使用預(yù)冷的1×PBS，洗滌2次,，600g離心5分鐘,；2）***一次離心后，盡量去除上清PBS,，保留細胞沉淀;3,、全血樣本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管,。4,、動植物組織：動物組織，30mg以上;植物組織,，不同組織,。 遼寧Chip-seq技術(shù)服務(wù)共同合作N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一。

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆蓋范圍和高通量功能,，因此是EWAS的理想之選,。其他優(yōu)勢包括：***的全基因組覆蓋范圍(>850,000個甲基化位點)CpG島非CpG和差異甲基化位點FANTOM5增強子ENCODE染色質(zhì)ENCODE轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點miRNA啟動子區(qū)域?qū)嶒灧治龇椒ㄖ噩F(xiàn)性98%（針對技術(shù)性重復(fù)）98%（針對傳統(tǒng)HumanMethylation450K芯片對照，MethylationEPIC芯片采用的相同樣本）>90%（針對HumanMethylation450K位點內(nèi)容）用戶友好的簡化工作流程與FFPE樣本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用戶友好的簡化的工作流程,，可以從低樣本起始量（低至250ng）同時處理多達96個樣本該甲基化芯片針對常規(guī)樣本和FFPE樣本提供單CpG位點級別的定量測量，因此能實現(xiàn)超級精細的解析度,，方便用戶了解表觀遺傳的變化,。

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿,，用ml離心管分裝，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存,，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融,。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間）,，夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰四,、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管）,，采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管,，公司配送）；2,、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上,，不超過8小時，進行血漿分離步驟五,、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2,、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞,，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3,、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機,，也可以在室溫條件下進行,；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞,；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。 基于高通量測序平臺的甲基化圖譜分析。

    DNA甲基化修飾類型,。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾,，***存在于植物、動物等真核生物基因組中,，被譽為“第五堿基”,；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”,；6mA在細菌,、藻類及動植物基因組中存在。1992年,，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序進行DNA甲基化檢測,。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案,。其特點是：單堿基分辨率,；結(jié)合測序。甲基化5mc檢測的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測**有力的工具,。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強化RRBS——高性價比DNA甲基化檢測方案,。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標(biāo)位點/基因甲基化驗證方案。 RRBS用于人,、哺乳動物及魚類方向的高水平甲基化研究,。四川單細胞測序技術(shù)服務(wù)口碑推薦

DNA甲基化對基因表達調(diào)控起著動態(tài)的重要作用。山東6mA技術(shù)服務(wù)方案

    Agilent甲基化芯片通過SurePrint芯片合成**技術(shù),，結(jié)合優(yōu)化的探針設(shè)計及實驗方法,，可靈活進行甲基化研究，得到高靈敏度,、高特異性,、高重復(fù)性的結(jié)果。技術(shù)流程：1.將基因組DNA超聲打斷成400-500bpDN**段,；2.加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份,；3.其中一份單鏈DNA樣品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗體。使用免疫磁珠法分離樣品中甲基化DN**段的抗體復(fù)合物,，樣品中其余的非甲基化DN**段被洗脫,；4.純化免疫共沉淀的DN**段；對MeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別進行標(biāo)記,；5.標(biāo)記后的MeDIP與Input樣品混合,、變性，與芯片雜交,；6.檢測雜交信號并進行數(shù)據(jù)分析,。芯片種類：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片,?！窠^大多數(shù)基因是針對基因啟動子區(qū)域的CpG島設(shè)計探針?！裥酒弦还灿?160個功能注釋比較明確的基因,，其中2128個和**發(fā)生有關(guān)系?！駨墓δ苌戏?，有256基因和細胞凋亡有關(guān),，1273個基因和信號傳導(dǎo)有關(guān),，487個基因和壓力和衰老有關(guān)?！裉貏e適用于**甲基化研究,。 山東6mA技術(shù)服務(wù)方案