熒光定量法(Methylight)
這種技術(shù)是在MSP技術(shù)上發(fā)展起來(lái)的,在MSP擴(kuò)增過(guò)程中利用熒光染料進(jìn)行定量,。TaqMan? 探針法的應(yīng)用使得該技術(shù)具有更高的精確性,。其原理與SNP檢測(cè)類似,針對(duì)亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段,,在甲基化位點(diǎn)上會(huì)存在單堿基的差異,,根據(jù)這種差異進(jìn)行探針設(shè)計(jì),,隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR,就能夠檢測(cè)甲基化的差異,。這種方法**的優(yōu)勢(shì)在于其高敏感性和較高通量,,且無(wú)需在PCR后電泳、雜交等操作,,減少了污染和操作誤差,。但是TaqMan? 探針訂購(gòu)費(fèi)用較高,適用于少數(shù)位點(diǎn)大量樣本篩選,。 DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用,。四川6mA技術(shù)服務(wù)口碑推薦
重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序是目前檢測(cè)甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。除了全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)等研究手段,,對(duì)于大樣本量甲基化研究來(lái)說(shuō),,更需要靈活、有針對(duì)性的技術(shù)方案,。NGS-BSP方法適合幾個(gè)到幾十個(gè)基因或者位點(diǎn)進(jìn)行大樣本甲基化測(cè)序或者驗(yàn)證項(xiàng)目,,具有更快速的實(shí)驗(yàn)周期及低成本優(yōu)勢(shì)。技術(shù)優(yōu)勢(shì)高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測(cè)的工具BSP和高通量測(cè)序完美結(jié)合,,單堿基分辨率適合幾個(gè)到幾十個(gè)位點(diǎn)的大樣本驗(yàn)證項(xiàng)目適合所有動(dòng)物樣本,、周期快、檢測(cè)位點(diǎn)靈活,、性價(jià)比高科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解,、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取,、建庫(kù)測(cè)序,,到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題;需要專業(yè),、有價(jià)值的建議,;科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通,;以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求:基因組DNA:>=1ug(20個(gè)區(qū)域/位點(diǎn)),;樣品濃度>30ng/ul;無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序:測(cè)序策略:IlluminaHiSeq,PE150,;測(cè)序深度:>,。 重慶cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)方案N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一。
甲基化特異性PCR(MS-PCR)
DNA在亞硫酸氫鹽作用后,,DNA CpG若無(wú)甲基化,,則序列中的C改變?yōu)閁,若有甲基化則保持不變,,因此從理論上講,,用不同的引物做PCR,,即可檢測(cè)出這種差異,從而確定基因有無(wú)CpG島甲基化,。因此根據(jù)目的基因修飾前后的改變,,就可以相應(yīng)設(shè)計(jì)M和U引物,有時(shí)我們需要設(shè)計(jì)兩輪引物,。
這種方法靈敏度高,無(wú)需特殊儀器,,因此經(jīng)濟(jì)實(shí)用,,是目前應(yīng)用**為***的檢測(cè)方法。不過(guò)也存在一定的局限性,,預(yù)先需要知道待測(cè)片段的DNA序列,,引物的設(shè)計(jì)非常重要。另外,,亞硫酸氫鹽處理也十分關(guān)鍵,,若處理不完全則可能導(dǎo)致假陽(yáng)性的出現(xiàn)。
cfDNABS-Seq送樣要求一,、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿,用ml離心管分裝,,例如:1ml/管,;放-20℃冰箱中保存(短暫保存,1-2周),;放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi)),;保存期間不能凍融。三,、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸:順豐陸運(yùn)(3-4天時(shí)間),,夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰四,、抽血要求1,、使用Streck**管(不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管),采集10ml外周靜脈血(客戶沒有Streck**管,,公司配送),;2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上,,不超過(guò)8小時(shí),,進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min,,離心后將上清(血漿)分裝到2,、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,將上清移入新的離心管中,,每管分裝1ml;3,、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1:血漿分離在4℃條件進(jìn)行,,如果客戶沒有冷凍離心機(jī),,也可以在室溫條件下進(jìn)行;備注2:離心后取血漿上清,,避免吸取白細(xì)胞,;通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 TBS具有高深度,、定量,、高準(zhǔn)確性 。
cfDNA,,cellfreeDNA,,就是血液中游離的自身DNA,這些DNA多是從身體的細(xì)胞或者白血球破裂釋放出來(lái)的,,基本上都是無(wú)害的,,不用多久會(huì)被自身清理掉。不過(guò)值得一提的是,,當(dāng)孕婦懷孕的時(shí)候,,胎兒的DNA也會(huì)同時(shí)釋放到母親的血液里頭去,這是當(dāng)前火熱的無(wú)創(chuàng)唐氏篩查的基礎(chǔ),。通過(guò)抽取母親的外周血測(cè)序分析其中的游離DNA就可以判斷胎兒是否存在整個(gè)染色體或者大片段DNA的變異,。有研究已經(jīng)證實(shí),**患者外周血中的cfDNA總量,,要高于健康人,。通過(guò)這一點(diǎn),雖然不能武斷的說(shuō)cfDNA能成為**標(biāo)志物,,但是cfDNA的含量增多,,能起到一個(gè)較好的提示作用,作為一個(gè)初篩的手段,?;赾fDNA的液態(tài)活檢中,盡管ctDNA在**診斷中的應(yīng)用是當(dāng)下cfDNA*****,,研究**深入的分支,。但是,cfDNA作為液態(tài)活檢,不只是局限于**學(xué),。例如,,有研究報(bào)道對(duì)于接受***移植手術(shù)的病人,可以通過(guò)監(jiān)測(cè)術(shù)后外周血中具有捐獻(xiàn)者基因特征,,片段化的cfDNA含量變化,,來(lái)評(píng)估移植***的排斥情況。 DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇,。四川6mA技術(shù)服務(wù)口碑推薦
RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動(dòng)物,,提供全基因組范圍的、高性價(jià)比的甲基化檢測(cè)金標(biāo)準(zhǔn)方案,。四川6mA技術(shù)服務(wù)口碑推薦
DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過(guò)程,,剛被發(fā)現(xiàn)時(shí)被定義為第五種堿基,實(shí)際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記,,在調(diào)控基因表達(dá),、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu),、基因印記,、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮著重大的作用,它就像魔術(shù)師手中一頂**神奇的“帽子”,,帶給世人層出不窮的驚喜,。DNA甲基化的發(fā)生、保持和去除都處在生物體精細(xì)的調(diào)控中,,一旦發(fā)生紊亂,,對(duì)于動(dòng)物而言將導(dǎo)致胚胎死亡或者**等重大疾病,對(duì)于植物而言將會(huì)出現(xiàn)各種的表型缺陷,,那么這頂神奇的“帽子”是如何發(fā)揮它神奇功用的呢,?這個(gè)問題成為整個(gè)生物界**熱的研究焦點(diǎn)之一。研究者們從DNA甲基化的發(fā)生機(jī)制,,保持機(jī)制到去甲基化機(jī)制,,從基因組甲基化狀況研究到特異位點(diǎn)甲基化狀況研究,從**初CpG位點(diǎn)的研究到non-CpG位點(diǎn)的研究,,從高甲基化研究到低甲基化,、未甲基化研究,以及與其密切相關(guān)的羥甲基化也慢慢進(jìn)入人們的視野,,***多角度解析DNA甲基化,。在Nature、Science,、Cell等**雜志上經(jīng)常能看到它熟悉的身影,,說(shuō)它是生物學(xué)研究的“寵兒”一點(diǎn)都不為過(guò)。正所謂“工欲善其事,必先利其器”,。 四川6mA技術(shù)服務(wù)口碑推薦