DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物,、動物等真核生物基因組中,，被譽為“第五堿基”,；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基,，成為哺乳動物的“第六堿基”；6mA在細(xì)菌,、藻類及動植物基因組中存在,。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序進(jìn)行DNA甲基化檢測,。從此,，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案。其特點是：單堿基分辨率,；結(jié)合測序,。甲基化5mc檢測的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測**有力的工具,。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強化RRBS——高性價比DNA甲基化檢測方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標(biāo)位點/基因甲基化驗證方案,。 全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)相結(jié)合,。技術(shù)服務(wù)怎么樣

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿,，用ml離心管分裝，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存,，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融,。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間）,，夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰。四,、抽血要求1,、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管）,，采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）,；2,、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時,，進(jìn)行血漿分離步驟,。五、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min,，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,，將上清移入新的離心管中,，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行,，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進(jìn)行,；備注2：離心后取血漿上清,，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。 技術(shù)服務(wù)怎么樣芯片數(shù)據(jù)如何與二代,、三代數(shù)據(jù)整合。

微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型,，采用RRBS測序,，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性,，同時改變了DNA甲基化水平,。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬,、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異,。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產(chǎn)兒的短期和長期的腸道健康至關(guān)重要,。

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)

通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異,，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異,，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn),。使用該方法進(jìn)行甲基化分析*需一對引物，相對簡單,，不過這種方法對儀器的要求頗高,，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀,，并且在進(jìn)行實時定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料,。利用MS-HRM技術(shù)進(jìn)行甲基化檢測只能對檢測片段整體甲基化情況進(jìn)行分析,，并不能明確每個CpG位點的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測,，篩選出感興趣的CPG位點,，然后利用其他方法進(jìn)行單個位點的精確檢測及甲基化程度的精確定量。 不同的芯片平臺,，各自的實驗過程也是不一樣的,。

    隨著二代測序技術(shù)的告訴發(fā)展，測序成本大幅度下降,，使得真正實現(xiàn)全基因組甲基化分析的研究成為可能,。隨著人類甲基化圖譜繪制成功，已經(jīng)陸續(xù)有多個物種的甲基化圖譜構(gòu)建完成,。研究者將傳統(tǒng)的DNA甲基化檢測方法,，如亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測序相結(jié)合，可以實現(xiàn)單堿基精度的甲基化圖譜的構(gòu)建,。此外將成熟的MeDIP技術(shù)與二代測序相結(jié)合,，可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域，從而比較不同細(xì)胞,、組織,、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術(shù)也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究,。第三代測序技術(shù)的出現(xiàn),，更是讓甲基化的直接測定成為可能。一年前,，美國PacificBiosciences公司利用獨有的單分子實時(SMRT)測序技術(shù)，直接測定了DNA的甲基化,。這項成果發(fā)表在《NatureMethods》雜志上,。 云生物提供甲基化服務(wù)。技術(shù)服務(wù)怎么樣

在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的,。技術(shù)服務(wù)怎么樣

安捷倫公司芯片平臺因其強大的eArray探針設(shè)計平臺,，可以進(jìn)行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用,。合作伙伴利用Agilent芯片平臺設(shè)計了一款專門針對**啟動子區(qū)域CpG島的甲基化芯片,。絕大多數(shù)基因是針對基因的啟動子區(qū)域的CpG島設(shè)計探針。這款芯片上一共有4160個功能注釋比較明確的基因,，其中2128個和**發(fā)生有關(guān)系,。從功能上分,，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個基因和信號傳導(dǎo)有關(guān),，487個基因和壓力和衰老有關(guān),。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進(jìn)行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp,。技術(shù)服務(wù)怎么樣