Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星狀細胞(HSC)是導致肝纖維化發(fā)生和進展的關鍵細胞類型,。DNA羥甲基化與轉錄***有關,，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細胞的5mC和5hmC水平,，證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉分化過程中的整體變化,，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關鍵步驟,，可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進展提供生物標志物以及潛在的新藥物靶點,。 羥甲基化DNA免疫沉淀測序是通過5hmC特異性抗體富集結合高通量測序技術,。山東850K芯片技術服務專業(yè)服務

安捷倫公司芯片平臺因其強大的eArray探針設計平臺，可以進行芯片的定制,。在甲基化領域同樣適用,。合作伙伴利用Agilent芯片平臺設計了一款專門針對**啟動子區(qū)域CpG島的甲基化芯片,。絕大多數(shù)基因是針對基因的啟動子區(qū)域的CpG島設計探針。這款芯片上一共有4160個功能注釋比較明確的基因,，其中2128個和**發(fā)生有關系,。從功能上分，有256基因和細胞凋亡有關,，1273個基因和信號傳導有關,，487個基因和壓力和衰老有關。采用的是8*60K的芯片格式,。利用MeDIP原理進行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp,。MeDIP-Seq技術服務歡迎咨詢RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動物，提供全基因組范圍的,、高性價比的甲基化檢測金標準方案,。

    DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化轉移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體,，將活性甲基轉移至DNA鏈中特定堿基上的化學修飾過程,。哺乳動物基因組中，DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子,。DNA甲基化是一種表觀（epigenetic）修飾,，它在不改變DNA序列的情況下，對個體的生長,、發(fā)育,、基因表達模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調(diào)控作用，這種修飾是可逆的,，并且這種修飾在發(fā)育和細胞增殖的過程中是可以穩(wěn)定傳遞的,。近年來的大量研究表明，DNA異常甲基化與**的發(fā)生,、發(fā)展,、細胞*變有著密切的聯(lián)系。DNA甲基化在**中的作用主要表現(xiàn)在以下幾個方面：一是甲基化的CpG島二核苷酸中的胞嘧啶以較高的頻率脫氨基變成胸腺嘧啶,，造成堿基突變,；二是抑*基因和DNA修復基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化,；四是基因組總體甲基化水平降低使轉座子,、重復序列活化導致染色體穩(wěn)定性下降。這些因素是導致**發(fā)展,、轉移,、惡化**終導致患者死亡的重要原因。其中后三個方面源于甲基化水平的改變，而甲基化的過程是可逆的,，因此可以甲基化位點為靶點,，靶向用藥進行**的預防、***,。

    羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量,，快速,、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應用于羥甲基化與疾病關系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究,。技術優(yōu)勢從項目背景了解、協(xié)助方案設計,、實驗材料選取,、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題,；需要專業(yè)、有價值的建議,；科學,、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug,；樣品濃度>50ng/ul,；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads信息分析基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質控,，Peak鋒Calling,，Peak鋒在基因組、染色體,、功能元件上的分布,，多樣本羥甲基化差異聚類，差異羥甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析,，結合項目背景和科學問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘,。 通過甲基化數(shù)據(jù)與耐藥基因Panel數(shù)據(jù)聯(lián)合分析。

    芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具,，已經(jīng)在很多領域有了相應的應用,。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應的產(chǎn)品提供，其中應用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺,，相應的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit,，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn),。不同的芯片平臺,，各自的實驗過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術,。將基因組DNA分成兩份,，一份用來做MeDIP，另一份作為對照,。兩個樣品都標記熒光(富集的樣品用Cy5標記,，對照用Cy3標記)，然后與芯片雜交,。芯片上每個探針的Cy5/Cy3強度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度,。 重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。技術服務共同合作

全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術相結合,。山東850K芯片技術服務專業(yè)服務

Chip-Seq 是指通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DN**段,，并對其進行純化和文庫構建；然后對富集得到的DN**段進行高通量測序,，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上,，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息,，是目前在全基因組水平研究蛋白結合靶DNA序列的重要手段,，為轉錄因子、組蛋白修飾,、核小體定位等表觀遺傳學的研究提供有效方法,。

應用領域

1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達的關系,。

2,、完成對轉錄因子及其它蛋白在基因組上結合位點的精細定位。

3,、研究特定的核小體或組蛋白的分布,。 山東850K芯片技術服務專業(yè)服務