保存培養(yǎng)基的容器要選擇材質(zhì)穩(wěn)定、密封性好的,。新的容器在使用前要進(jìn)行清洗和滅菌,。大多數(shù)培養(yǎng)基在低溫環(huán)境下保存可延長(zhǎng)保質(zhì)期并減少微生物生長(zhǎng)。一般來說,，固體培養(yǎng)基可在4℃冰箱中保存,，液體培養(yǎng)基如需長(zhǎng)期保存，可分裝后置于-20℃冷凍保存,。但要注意某些培養(yǎng)基成分在低溫下可能會(huì)出現(xiàn)沉淀或變性,，因此需根據(jù)培養(yǎng)基的特性選擇合適的保存溫度。

光照可能會(huì)引起培養(yǎng)基中某些成分的光化學(xué)反應(yīng),，導(dǎo)致營(yíng)養(yǎng)成分分解或變質(zhì),，從而影響培養(yǎng)基質(zhì)量，為微生物污染創(chuàng)造條件,。因此,，培養(yǎng)基應(yīng)儲(chǔ)存在暗處，可使用棕色容器或用鋁箔包裹容器來避免光照,。儲(chǔ)存過程中要確保容器密封良好,，防止外界空氣、灰塵和微生物進(jìn)入,。