轉錄組數(shù)據(jù)飽和度模擬圖 注:橫坐標為reads的采樣率,，縱坐標為RPKM的相對誤差,，Q1-4分別展示了低表達到高表達的基因的飽和性: Q1 (0-25%):轉錄本表達水平排名位于前25%的基因;Q2 (25-50%): 轉錄本表達水平排名位于25-50%的基因;Q3 (50-75%): 轉錄本表達水平排名位于50-75%的基因;Q4 (75-100%): 轉錄本表達水平排名位于75%以上的基因.SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)是指在基因組上由單個核苷酸變異形成的遺傳標記，其數(shù)量很多,，多態(tài)性豐富,。基于各樣品 reads 與參考基因組序列的比對結果上海融享生物做各類轉錄組測序服務,、eccDNA,、宏基因組、16S微生物等服務,。湖南cirRNA轉錄組測序公司

樣品基因表達量總體分布利用轉錄組數(shù)據(jù)檢測基因表達具有較高的靈敏度,。通常情況下，能夠測序到的蛋白質編碼基因表達水平RPKM值橫跨0.01到10000六個數(shù)量級,。各樣品RPKM分布密度圖注：不同顏色的曲線象征不同的樣品,，橫坐標表示對應樣品RPKM的對數(shù)值，縱坐標表示基因的概率密度,。從箱線圖中不僅可以查看單個樣品基因表達水平分布的離散程度,，還可以直觀的比較不同樣品的整體基因表達水平。每個區(qū)域的箱線圖對應五個統(tǒng)計量,，自上而下分別是最大值,、上四分位數(shù)、中值,、下四分位數(shù)和最小值,。宏轉錄組測序全轉錄組測序融享生物的優(yōu)勢：能準確識別轉錄本同源異構體、可變剪切,、可變polyA,、融合基因等位基因等。

是否構建鏈特異性文庫,？由于RNA為單鏈,，但普通的轉錄組文庫會同時測到模板鏈及其反向互補信息，不但無法判斷原始的mRNA的方向,，同時也會對轉錄本的定量的準確性產(chǎn)生干擾,。而鏈特異性文庫則可以在建庫過程中將反向互補序列的文庫直接消化掉，不僅保留了原始的mRNA的方向,，同時也提高了定量的準確性,。微分基因所有的轉錄組產(chǎn)品（包括真核有參轉錄組、真核無參轉錄組,、原核轉錄組）均已多面升級為鏈特異性文庫,。另一個重要的因素就是測序數(shù)據(jù)量的大?。礈y序深度）。

區(qū)域的大小:比對到該區(qū)域的MappedReads在所有MappedReads中所占的百分比,。理論上,，來自成熟mRNA的Reads應比對到外顯子區(qū)。Reads比對到內含子是由于mRNA前體和發(fā)生可變剪切的內含子保留;Reads比對到基因間區(qū)是基因組注釋不完善導致的結果,。因此為了更好的驗證這些非編碼區(qū)域對mRNA的影響,，我們將基因間的區(qū)域分為轉錄起始位點上游1kb范圍內的reads、轉錄起始位點上游5kb范圍內的reads和轉錄起始位點上游10kb的reads;同理轉錄終止位點下游1kb范圍內的reads,、轉錄終止位點下游5kb范圍內的reads和轉錄終止位點下游10kb的reads,。高通量測序平臺包括Illumina HiSeq X Ten，HiSeq,，MiSeq,，PacBio Seque等。

如何獲取mRN段,？真核生物成熟的mRNA一般帶有polyA尾巴,，因此常規(guī)的轉錄組建庫流程中通常直接對具有PolyA尾巴的片段進行捕獲，這樣可以得到純度較高的mRNA,。但是這樣的方式對于mRNA的完整度要求較高,，發(fā)生降解的樣本使用這種建庫方式會損失一定的轉錄組信息。另一種獲得mRNA的方式則去除在TotalRNA中占比比較高的rRNA（通常占比超過90%以上）,，而剩下的RNA中就包括了mRNA（占比為1-2%）,，這種方式對降解樣本的耐受度相對較高，但需要更高的測序數(shù)據(jù)量,，且成本也更高,。原核生物由于其mRNA不具有PolyA尾巴，因此只能選擇rRNA去除的方式,。轉錄組測序全轉錄組測序找上海融享生物。湖南cirRNA轉錄組測序公司

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比對結果作圖將比對到不同染色體上的 Reads 或 RPKM 進行全集因組分布統(tǒng)計,，繪制 Mapped 原核生物有參考轉錄組項目結題報告 Reads 或 RPKM 值在所選參考基因組上的覆蓋深度分布圖，從而更加直觀得展現(xiàn)出 reads 總數(shù)及 RPKM 值在全集因組的分布情況,。較外圈為染色體長度及刻度,，本研究中基因組按 1000 bp 為單位長度進行分割，即每個刻度包含 5 × 103 bp;內部每一個圓圈象征樣品的在該區(qū)域內的表達水平,，統(tǒng)計落在各個單位長度內的平均表達水平作為其全集因組表達分布,。顏色象征不同樣品信息。湖南cirRNA轉錄組測序公司