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河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-02-09

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù)?全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù),,一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù),,然后分別上機(jī)測(cè)序。小RNA長(zhǎng)度較短,,一般小于50nt,采用測(cè)序策略為50SE,。其他三類RNA序列一般大于200,,通常在1000以上,可達(dá)幾萬,,通過片段化構(gòu)建150PE測(cè)序文庫(kù),。然后小RNA文庫(kù)可以獲得miRNA序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA,、lncRNA和circRNA的序列信息,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA,。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),,轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序無需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針。河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合,,表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài),。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu),、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平,。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者,蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì),。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行研究,,可以從整體上解釋生物學(xué)問題,探究生物體生理和疾病機(jī)理等,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究:利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測(cè)瘤細(xì)胞惡化過程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制,。深圳轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點(diǎn)。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)試步驟:第1步就是把單個(gè)細(xì)胞分選出來,。分選的方式也比較多,,物理切割,酶消化,,F(xiàn)ACS分選等,。假如已經(jīng)分到了一個(gè)單細(xì)胞,跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的,。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來去建庫(kù)測(cè)序,。但是一個(gè)細(xì)胞里的RNA含量是比較少的,難建庫(kù)成功,。這個(gè)里面“量”的概念很有意思,。比如說單細(xì)胞量少,需要特殊處理,。因?yàn)閱渭?xì)胞里面RNA的量少,,所以說整個(gè)富集的過程中會(huì)出現(xiàn)一部分基因在一個(gè)細(xì)胞里能檢測(cè)到,在另外一個(gè)細(xì)胞里面檢測(cè)不到,,而每個(gè)細(xì)胞里面的檢測(cè)存在一個(gè)隨機(jī)性,,同時(shí)單細(xì)胞測(cè)序深度比較低,所以說分析時(shí)相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意,,但整體的分析思路是類似的,。

全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)優(yōu)勢(shì):文庫(kù)優(yōu)化:針對(duì)不同長(zhǎng)度的序列采用兩種文庫(kù)構(gòu)建方法,采用去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA,、lncRNA和circRNA的序列信息,。數(shù)據(jù)全:全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序完成后可獲取4類主要RNA(miRNA,mRNA,,lncRNA,,circRNA)數(shù)據(jù),可對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析及整合分析,。關(guān)聯(lián)全:通過對(duì)mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測(cè)定及后續(xù)分析,,深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(ceRNA網(wǎng)絡(luò))分析。樣本類型:細(xì)胞,,組織,,體液、血清,、血漿,、全血,總RNA等,。建議總RNA起始量:>15μg,,濃度≥200ng/μL),。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更高的檢測(cè)通量。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,,包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,。簡(jiǎn)而言之,,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,。簡(jiǎn)而言之,,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么,?河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景,。河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq):轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)主要通過高通量測(cè)序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量,,進(jìn)而對(duì)相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實(shí)現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路,。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片,不過由于高通量測(cè)序成本的下降,,RNA-seq的運(yùn)用愈來愈普遍,。河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

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