轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics),,是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,從RNA水平研究基因的表達(dá)情況,。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過二代測(cè)序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列,,可以用來研究基因表達(dá)量、基因功能,、結(jié)構(gòu),、可變剪接和預(yù)測(cè)新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組(transcriptome),,是指特定生長階段某組織或細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,,狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,,包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué):也被稱為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥測(cè)序(wts),。RNA-seq包含三個(gè)步驟:測(cè)序文庫的建立,,在特定平臺(tái)中測(cè)序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法,。采用NGS技術(shù)對(duì)從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測(cè)序,。簡(jiǎn)而言之,就是對(duì)剪切變體,、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯,、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在對(duì)基因組測(cè)序和分析研究的同時(shí),,復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來,。利用高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況,更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,,精確地識(shí)別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性(SPN),,進(jìn)一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。南京外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么,?
轉(zhuǎn)錄組學(xué):隨著越來越多的基因組序列相繼被測(cè)定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉?duì)象的基因組學(xué)(Genomics),、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對(duì)象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義:1.轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制.2.通過基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個(gè)例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個(gè)亞型,尤其是對(duì)原發(fā)性惡性瘤,通過轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)譜的建立,可以詳細(xì)描繪出患者的生存期以及對(duì)藥物的反應(yīng)等,。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念:普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA,獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA,,然后建庫測(cè)序,,獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,,且存在異質(zhì)性,。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞,尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織進(jìn)行測(cè)序時(shí),,它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的,,而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測(cè)序,相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異,,展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài),,所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè),不是用一堆細(xì)胞測(cè),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí),,還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì):(1)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,,同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題;(2)靈敏度高,,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本,;(3)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針,,因此無需了解物種基因信息,,能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域,。(4)檢測(cè)范圍廣,,高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍,能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本,。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更高的檢測(cè)通量,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性的特點(diǎn)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能:circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中,,具有組織特異性,、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征,。近幾年,,大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育,、脅迫應(yīng)答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān),,并預(yù)測(cè)其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)用前景,,但其生物學(xué)功能在很大程度上仍然未知。目前認(rèn)可度比較高的circRNA生物學(xué)功能,。miRNAsponge。circRNA富含miRNA結(jié)合位點(diǎn)來充當(dāng)miRNA海綿作用,,阻止miRNA在3′非翻譯區(qū)與mRNA相互作用,,進(jìn)而間接調(diào)控miRNA下游靶基因的表達(dá)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
上海拜譜生物科技有限公司主要經(jīng)營范圍是商務(wù)服務(wù),,擁有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)和良好的市場(chǎng)口碑,。公司業(yè)務(wù)涵蓋多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測(cè),,蛋白質(zhì)組學(xué),,代謝組學(xué)等,價(jià)格合理,,品質(zhì)有保證,。公司秉持誠信為本的經(jīng)營理念,在商務(wù)服務(wù)深耕多年,,以技術(shù)為先導(dǎo),,以自主產(chǎn)品為重點(diǎn),發(fā)揮人才優(yōu)勢(shì),,打造商務(wù)服務(wù)良好品牌,。拜譜生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務(wù),、眾多的成功案例積累起來的聲譽(yù)和口碑,,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。