單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：10×genomics技術(shù)：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode,、UMI,、PolyT組成,。Barcode是16個(gè)堿基的長度。一共有400萬種Barcode,，一個(gè)微珠是對應(yīng)于一種Barcode,，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過barcode可以把cell分開）,。UMI是一段隨機(jī)序列,，也就是說每一個(gè)DNA分子，都有自己的UMI序列（一個(gè)微珠上有很多種UMI,，通過UMI可以把RNA分子分開,，并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量）。10個(gè)堿基長的UMI,，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576）,，UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個(gè)原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復(fù)還是duplication及區(qū)分是真實(shí)的SNP位點(diǎn)還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個(gè)細(xì)胞與單個(gè)凝膠微珠通過油相混在一起,，形成油包水的小微滴,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué),，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對的是全體蛋白,，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似,，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段,，在通過質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索,，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片,，也可以用測序,。芯片是用已知的基因探針，測序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA,?；蚪M學(xué)研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測序?yàn)橹?，將基因組拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝,。當(dāng)然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作,。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí),，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測序的質(zhì)量,，RNA降解后,，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此,，隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA,，導(dǎo)致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會(huì)對測序信號(hào)產(chǎn)生干擾,，影響測序結(jié)果的準(zhǔn)確性,；同時(shí)由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實(shí)驗(yàn)前需要對樣本進(jìn)行均一化處理,，否則高豐度的表達(dá)基因會(huì)掩蓋低豐度表達(dá)基因,，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復(fù)序列。

全轉(zhuǎn)錄組測序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA,，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA（以miRNA為表示）,，長鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環(huán)狀RNA（circularRNA,circRNA）上,，而這幾類ncRNA的調(diào)控對象都和mRNA有關(guān)。因此,，全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測序即對以上四種ncRNA進(jìn)行測序,，并分析這四者之間復(fù)雜的相互作用關(guān)系,。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景。

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測序分析技術(shù)之一,。常見設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較,，尋找差異基因、標(biāo)志基因,、協(xié)同變化基因,、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化,、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等,。轉(zhuǎn)錄組的測序分析也相對成熟，從RNA提取,、構(gòu)建文庫,、上機(jī)測序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進(jìn)行,。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡單,，序列比對-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析,。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開始接觸高通量測序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因,。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本,。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析,？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子,，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話,，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理,？不同的處理，不同的研究目標(biāo),，差異基因的數(shù)目是不同的,，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬,，那么就需要和分析人員溝通一下,，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,，注釋信息太雜亂,，怎么挑選目標(biāo)基因？對不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象,；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因,，不要局限在自己研究的物種上,。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析

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