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湖北全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-02-24

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實(shí)用價(jià)值嗎?二者實(shí)用價(jià)值非常大,,尤其是對有瘤的患者的醫(yī)治,,簡直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價(jià)值,。例如研究某個(gè)基因功能的時(shí)候,,可以構(gòu)建該基因的敲除或者過表達(dá)生物,然后對比野生型進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達(dá)網(wǎng)絡(luò),。此外在醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用也很大,,例如在有的瘤病人中進(jìn)行基因組學(xué)測序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動基因,,然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動基因研究靶向藥物,從而推動瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治,!轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),。湖北全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序流程:1、樣品RNA準(zhǔn)備,。2,、測序文庫構(gòu)建。3,、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增,。4,、高通量測序(Illumina),。5、數(shù)據(jù)分析,。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況:1,、同一物種在發(fā)育過程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異;2,、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因,;3、不同的外界條件處理,,如細(xì)菌,、病毒、光照,、紫外,、干旱、高溫,、高鹽脅迫,,對基因表達(dá)的影響;4,、同一個(gè)體,,不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡而言之,,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。杭州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí),還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué):轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞,、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有RNA的學(xué)科,轉(zhuǎn)錄組測序是指利用高通量測序方法,,研究特定的細(xì)胞,、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有mRNA,,用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達(dá)、結(jié)構(gòu)的差異,,闡明分子機(jī)制,。應(yīng)用領(lǐng)域:醫(yī)學(xué)研究:疾病標(biāo)志物篩查、疾病的診斷和分型,、疾病復(fù)發(fā)診斷,、病因與病理機(jī)制探究、臨床療效評價(jià),、藥物毒理學(xué)評價(jià),。生命科學(xué)研究:非生物環(huán)境關(guān)系研究、植物與微生物,、在表型鑒定中的應(yīng)用,、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應(yīng)用,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptome)廣義上指某一生理?xiàng)l件下,,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,包括信使RNA(mRNA),、核糖體RNA(rRNA),、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA);狹義上指所有mRNA的匯合,。轉(zhuǎn)錄組具有很強(qiáng)的時(shí)間和空間特性,,是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn),掌握了生物個(gè)體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化,,可深入了解其生命活動特征和調(diào)控機(jī)制,。通過新一代高通量測序,能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠檢測未知基因,,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟:單細(xì)胞的分離和捕獲:溫和分離,,稀有細(xì)胞,。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增:RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA,捕獲效率10%(5-**NA測序需要1ngDNA,,極限稀釋加移液分離單細(xì)胞,;顯微操作分選單細(xì)胞;流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞,;激光切割實(shí)體組織,;微流控技術(shù);磁珠捕獲,,主要用于CTC,。它的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以結(jié)合流式細(xì)胞熒光分選(FACS,fluorescentactivatedcellsorting)根據(jù)表面Marker分選細(xì)胞,。因此特別適合分選細(xì)胞子集用于測序。它的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以獲得細(xì)胞形態(tài)全覽圖,,提供另外一個(gè)維度的信息,,可用于鑒定微孔中是否有損傷的細(xì)胞或雙份細(xì)胞,主要缺點(diǎn)是通量低且每個(gè)細(xì)胞所需的工作量相當(dāng)大,。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析,。杭州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測范圍廣,高于6個(gè)數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,。湖北全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢:相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測序方法,,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達(dá)水平情況,,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析,。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,,轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計(jì)探針,,即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進(jìn)行檢測,,提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,,是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強(qiáng)大工具,。鑒于這些優(yōu)勢,RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個(gè)方面,。湖北全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

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