代謝組學可以檢測的樣品種類有哪些,?代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(分子量<1000),。其樣品主要是血漿或血清,尿液,,唾液,以及細胞和組織的提取液,。我們也和一些公司或單位(如茶葉公司,、制酒公司、酸奶公司,、醫(yī)院等)合作,,做過植物,微生物提取物,,腦脊液,,昆蟲血淋巴,羊水,,卵泡液,,膝蓋滑液,眼淚,胎盤,,糞便及腸道內容物提取液等,。一般代謝組學能檢測出多少物質?同的質譜平臺靈敏度及偏向性都不一樣,,而且不同平臺之間具有互補性,。一般來說GC/MS檢測血清樣品能準確定性的物質約200個左右,檢測尿液樣品定性的物質約200個左右,,其他樣品(如肝臟,,糞便,腸道內容物)也在幾百這個數(shù)量級,。如果采用全二維GC/MS,,物質的數(shù)量要更多,可達1千以上,。LC/MS檢測物質的數(shù)量要遠比GC/MS多,,但能準確定性和定量的不多,視不同的平臺(TQ,、QTOF等)能達到幾十至2-3百個物質,。代謝組學的代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數(shù)目。廣東常規(guī)靶向代謝組學定量分析
代謝組學的研究分為靶向和非靶向,。通俗說就是你有沒有目標分子,。傳統(tǒng)代謝組學研究利用的是GC-MS,因為代謝物大多數(shù)都不是高沸點的,,而且GC-MS有龐大的數(shù)據(jù)庫檢索,。然后發(fā)展的LC-MS差不多,就是克服了一些高沸點物質難以檢測的弊端,。NMR用于代謝組學不是很多,,一方面是NMR這個東西入行起點有點高,另一方面是樣品太復雜而且靈敏度不高,。但是NMR樣品處理簡單,,無損。不需要各種衍生化,。而且NMR對于物質結構的指認要比MS更精確(比如異構體)因此對定性非常有用,,成為非靶向代謝組學的重要方法。濟南靶向代謝組學技術代謝組學的研究處于生物信息流的中游,。
代謝組學在系統(tǒng)生物學中有什么作用,?它的地位如何?代謝物作為生物體表型的基礎能夠幫助我們更直觀有效地了解生命現(xiàn)象揭示生命本質,。代謝組學本質上是指從整體上研究生物體的代謝物,,是對某一生物、組織或細胞中的所有低分子量代謝產(chǎn)物進行定性與定量分析的一門科學。代謝組學以指標分析為基礎,,高通量檢測為手段,,通過研究生物體內代謝物的種類與數(shù)量及其變化規(guī)律來闡述機體在正常生命狀態(tài)及環(huán)境變化后的代謝過程。代謝組是系統(tǒng)生物學的分支學科之一,。其研究內容主要包括對代謝物進行定性或定量分析,,不同基因型的生物體進行代謝組學表型研究,不同生長環(huán)境及加物理,、化學或生物性刺激后個體代謝產(chǎn)物的應答,,進行代謝途徑或代謝網(wǎng)絡解析與轉基因評價。
代謝組學研究方法:代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似,,通常有兩種方法,。一種方法稱作代謝物指紋分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色譜-質譜聯(lián)用(LC-MS)的方法,,比較不同血樣中各自的代謝產(chǎn)物以確定其中所有的代謝產(chǎn)物,。從本質上來說,代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產(chǎn)物的質譜峰,,然后了解不同化合物的結構,,建立一套完備的識別這些不同化合物特征的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析(metabolomic profiling),研究人員假定了一條特定的代謝途徑,,并對此進行更深入的研究,。代謝組學是對某一生物或細胞中相對分子量小于1,000的小分子代謝產(chǎn)物進行定性和定量分析的一門新學科。
代謝組學如何控制臨床樣本的質量,?對于臨床的樣本建議每組比較低的25個生物學重復,達到30例以上比較好,。因為臨床樣本受外界環(huán)境和遺傳背景影響較大,,需要很多生物學重復來消除這些外在影響。此外,,在樣本收集過程中,,應保持收養(yǎng)的時間段和操作程序盡可能一致。代謝組學樣本收集取樣基本原則:表示性和一致性:驗組與對照組樣本在取材部位,、時間處理等方面盡可能保持一致,,從而保證實驗的可信度;迅速性:操作過程迅速,,很大限度縮短樣本采集到實驗的時間,;低溫原則:所有樣本離體后,分離步驟應在4℃或冰上進行,,分離好的樣本立即存于-80℃,,以免樣本產(chǎn)生進一步代謝活動。代謝組學著重研究的是生物整體、組織代謝途徑及其所受內在或者外在因素的影響及隨時間變化的規(guī)律,。廣州非靶向代謝組學鑒定
代謝組學主要研究的是各種代謝路徑的底物,。廣東常規(guī)靶向代謝組學定量分析
代謝組學有哪些應用?近年來,,代謝組學技術得到了迅速發(fā)展,,主要可應用于:功能基因組學、疾病早期診斷,、病因病機研究,、藥物毒理學、中醫(yī)藥現(xiàn)代化,、植物代謝組學,、微生物代謝組學、營養(yǎng)學,、環(huán)境科學等生命科學的各個領域,。為什么要選擇代謝組學?首先需要明確的是代謝組學的目標分析物主要為生物小分子及其代謝產(chǎn)物,,如糖,、有機酸、脂質,、維生素,、氨基酸、芳香烴之類等化合物,。所以,,如果關注的是小分子物質,那么采用代謝組學的方法,,可以對樣品內檢測到的小分子物質進行定性,、定量分析。同于基因組學和蛋白組學,,代謝組學的研究反映某一時刻下正在發(fā)生的生命活動情況,,研究代謝物的表達量、代謝物與生理病理變化的關系,,能夠幫助尋找新的生物標記物,,發(fā)現(xiàn)新的代謝途徑,以及更進一步深入了解目前已知的這些途徑,,應用于疾病的早期診斷,、藥物靶點的發(fā)現(xiàn)、疾病的病理生理研究,。廣東常規(guī)靶向代謝組學定量分析
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