蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略：蛋白質(zhì)組學(xué)研究主要分為自底向上（Bottom-Up），自頂向下（Top-Down）和自中向下（Middle-Down）三種策略,?！白缘紫蛏稀辈呗允侵竿ㄟ^分析由蛋白質(zhì)酶解生成的肽段來鑒定蛋白質(zhì),。當(dāng)應(yīng)用該策略來分析蛋白質(zhì)組混合物時(shí)，因其類似于基因組測序的鳥管法,，所以又被稱為鳥管法蛋白質(zhì)組學(xué)（Shotgun Proteomics）,，該策略依賴于蛋白酶的酶切?！白灾邢蛳隆辈呗砸惨蕾囉诘鞍酌傅拿盖?，但是由于采用了另外的酶，比如OmpT,，只能酶切(Lys/Arg-Lys/Arg),，因此酶切之后的分子量較大，更利于后續(xù)的蛋白組裝環(huán)節(jié),。蛋白質(zhì)組具有很高的細(xì)胞和組織特異性,，不同的細(xì)胞組織表達(dá)不同的蛋白質(zhì)組。杭州定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)優(yōu)點(diǎn)：無需標(biāo)記,，比較大程度的保留樣本的真實(shí)性；可以區(qū)分“有”,、“無”蛋白,；不受標(biāo)簽數(shù)量的限制，多個(gè)樣本可以同時(shí)進(jìn)行蛋白定量分析,；不同物種和不同的樣本類型可以同時(shí)開展蛋白定量分析,；處理步驟簡單，成本低,。 DIA 定量蛋白質(zhì)組學(xué)：數(shù)據(jù)非依賴性采集(DIA)是一種明顯提升蛋白質(zhì)組學(xué)研究通量和可重復(fù)性的技術(shù),。經(jīng)典的 DIA 流程通常依賴于 DDA 譜圖庫的構(gòu)建，需要消耗大量的樣品,，且周期長,，成本高。越來越多的不依賴于 DDA 建庫的分析方法相繼誕生,。江蘇定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法蛋白質(zhì)組學(xué)可以通過系統(tǒng)性地研究蛋白質(zhì)表達(dá)和翻譯后修飾變化對疾病的影響,。

蛋白質(zhì)組學(xué)定義：蛋白質(zhì)組學(xué)（proteomics），指對某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模,、系統(tǒng)化地研究,，以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括：組成蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征,、蛋白質(zhì)的豐度,、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾,、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu),、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu),。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法主要有：蛋白質(zhì)雙向電泳、氨基酸序列測定（包括N端測序和C端測序）,、質(zhì)譜,、生物信息學(xué)。

蛋白組學(xué)常見研究模式主要有兩種：1.通過蛋白質(zhì)組學(xué)尋找疾病發(fā)生的發(fā)展的新型標(biāo)志物,；2.結(jié)合其它組學(xué)建立疾病或者研究主題的表達(dá)譜和分子機(jī)制,。蛋白質(zhì)組學(xué)( proteomics) 是指系統(tǒng)研究某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)，包括組成蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)的氨基酸序列,，蛋白質(zhì)的豐度,，蛋白質(zhì)的修飾以及蛋白質(zhì)之間的相互作用。蛋白質(zhì)組和基因組( genome)在概念上有相關(guān)性,，表示某一個(gè)蛋白質(zhì)組的蛋白質(zhì)是由基因組所編碼的,，然而蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)在研究對象和研究方法上有很大的區(qū)別。蛋白質(zhì)組研究是為了識(shí)別及鑒定一個(gè)細(xì)胞或組織所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)以及它們的表達(dá)模式,。

PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)原理：PRM技術(shù)是一種根據(jù)已知實(shí)測信息或質(zhì)譜檢測規(guī)律的假定信息對樣品中的蛋白質(zhì)進(jìn)行靶向定量的技術(shù),。該技術(shù)主要應(yīng)用儀器為Q Exactive系列質(zhì)譜儀，首先以四極桿作為質(zhì)量過濾器,，特異性地選擇與預(yù)先設(shè)定質(zhì)荷比相同的肽段離子（母離子）通過,，隨后在高能碰撞池中碎裂母離子，之后通過Orbitrap分析碎片離子（子離子）得到肽段的二級質(zhì)譜信息,。四極桿的高選擇性離子過濾與Orbitrap高分辨率測量技術(shù)的結(jié)合使得PRM技術(shù)有很高的特異性,，并且有效的降低了背景噪音，去除了干擾離子,，提高了靈敏度,。定量蛋白質(zhì)組學(xué)是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容。杭州定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

蛋白質(zhì)組意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”,，即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì),。杭州定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué)：是一種基于Orbitrap為表示的高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù),，首先利用四級桿質(zhì)量分析器的選擇能力,，用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子，隨后在collisioncell中對母離子進(jìn)行碎裂,，然后利用Orbitrap分析器在二級質(zhì)譜中檢測所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息,。這樣能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)、目標(biāo)肽段（如發(fā)生翻譯后修飾的肽段）進(jìn)行選擇性檢測,，即可對目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行相對(一定)定量,。從而實(shí)現(xiàn)對復(fù)雜樣本中的目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行準(zhǔn)確地特異性分析,。杭州定量乙酰化蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)