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轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,,是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計(jì)劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,,科學(xué)家也逐漸認(rèn)識(shí)到對(duì)基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分,,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來(lái)需要解決的問(wèn)題是:研究這些基因序列的功能,、參與的生命過(guò)程,、表達(dá)調(diào)控方式,以及這些基因在不同的時(shí)空條件下的表達(dá)差異等,。這些問(wèn)題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來(lái)解決,,而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對(duì)基因及其轉(zhuǎn)錄表達(dá)產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué),,將為疾病控制和新藥開發(fā),、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問(wèn)題,、食物問(wèn)題,、能源問(wèn)題和環(huán)境問(wèn)題提供新方法。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào),。廣州轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域
普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況,?普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類:一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程,;二是不同的環(huán)境、藥物,、病原菌等逆境脅迫處理,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么?需要幾個(gè)重復(fù),?生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的,,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也不例外,至少3次生物學(xué)重復(fù),。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí),,通過(guò)對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制,盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無(wú)關(guān)的背景條件控制在同一水平,,減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA,、micRNA以及circRNA么,?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只能測(cè)到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序通過(guò)構(gòu)建兩個(gè)測(cè)序文庫(kù)(一是小RNA測(cè)序文庫(kù),、二是lncRNA測(cè)序文庫(kù))是可以測(cè)到以上4種RNA的,。杭州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。
轉(zhuǎn)錄組學(xué),,基因組學(xué),,蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別:蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白,組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,,分為top-down和bottom-up分析方法,。理念和基因組類似,將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段,,在通過(guò)質(zhì)量反推蛋白序列,,之后進(jìn)行搜索,標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和,,可以用芯片,也可以用測(cè)序,。芯片是用已知的基因探針,,測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?;蚪M學(xué)研究的主要是基因組DNA,,使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹鳎瑢⒒蚪M拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步,,隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作,。
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境,、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域,。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對(duì)象,,避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問(wèn)題,能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間,。應(yīng)用領(lǐng)域:包括腸道微生物,、口腔微生物、糞便微生物,、人體組織微生物,。宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念:宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期、環(huán)境樣本,、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉(zhuǎn)錄本)的匯合,。通過(guò)對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測(cè)序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析,?
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法:SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù),。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù),,就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成,,但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C,、G而非T的簡(jiǎn)并堿基,,而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基,這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處,,而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方,。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更高的檢測(cè)通量,。南京circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)多少錢
轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),。廣州轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域
什么叫轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄組學(xué)?1,、轉(zhuǎn)錄組,,廣義上指某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的組合,包括信使RNA,、核糖體RNA,、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA;狹義上指所有mRNA的組合,。2,、轉(zhuǎn)錄組學(xué),是指一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過(guò)程是基因表達(dá)的第一步,,也是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。廣州轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域