全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制,，因此在進(jìn)行測序之前,，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉(zhuǎn)錄本,，這就會造成一定的錯誤比例,，同時在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1,、全方面鑒定可變剪切,；2,、發(fā)現(xiàn)更多新基因,；3、有效改善基因組注釋,；4,、鑒定更多的LncRNA,；5,、準(zhǔn)確定位融合基因,。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù),，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉(zhuǎn)錄組,，通常來說很難承擔(dān),，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達(dá)差異的研究,。濟(jì)南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域,、操縱子及多順反子,，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大,，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理,，不同的研究目標(biāo),，差異基因的數(shù)目是不同的,，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬,，那么就需要和分析人員溝通一下,，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,，注釋信息太雜亂,，怎么挑選目標(biāo)基因？對不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象,；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報道，挑選相關(guān)差異基因,，不要局限在自己研究的物種上,。江蘇SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?（1）可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題；（2）靈敏度高,，可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本,；（3）可以對任意物種進(jìn)行全基因組分析，無需預(yù)先設(shè)計特異性探針,，因此無需了解物種基因信息,，能夠直接對任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時能夠檢測未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,，并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域,。

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序（wts）,。RNA-seq包含三個步驟：測序文庫的建立，在特定平臺中測序和生物信息學(xué)分析,。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法,。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測序。簡而言之,，就是對剪切變體,、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析,。RNA-Seq原理：在對基因組測序和分析研究的同時,，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,，精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN）,，進(jìn)一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)廣義上指在某一生理條件下,，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義：轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA,。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,，轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針，即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進(jìn)行檢測,，提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號,，更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具,?；诟咄繙y序平臺的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息，從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究,、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究,、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進(jìn)行檢測,。濟(jì)南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

宏轉(zhuǎn)錄組是特定時期,、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合,。濟(jì)南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序具有以下優(yōu)勢：（1）可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題,；（2）靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本,；（3）可以對任意物種進(jìn)行全基因組分析,，無需預(yù)先設(shè)計特異性探針，因此無需了解物種基因信息,，能夠直接對任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,，同時能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,，并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,，UTR區(qū)域。（4）檢測范圍廣,，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,，能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。濟(jì)南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究