宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類,、基因,、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門,。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件,，能否搭建一套完整、快速,、高效,、靈敏,、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行,。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部?jī)?yōu)點(diǎn),，可以檢測(cè)環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進(jìn)行研究,，還可以比較不同環(huán)境下的差異表達(dá)基因和差異功能途徑,，揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制，探索環(huán)境與微生物之間的互作機(jī)理,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,，UTR區(qū)域。杭州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞,、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有 RNA 的學(xué)科,，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指利用高通量測(cè)序方法，研究特定的細(xì)胞,、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有 mRNA,，用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達(dá)、結(jié)構(gòu)的差異,，闡明分子機(jī)制,。應(yīng)用領(lǐng)域：醫(yī)學(xué)研究：疾病標(biāo)志物篩查、疾病的診斷和分型,、疾病復(fù)發(fā)診斷,、病因與病理機(jī)制探究、臨床療效評(píng)價(jià),、藥物毒理學(xué)評(píng)價(jià),。生命科學(xué)研究：非生物環(huán)境關(guān)系研究、植物與微生物,、在表型鑒定中的應(yīng)用,、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應(yīng)用,。杭州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析,？

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)有：1、可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2,、靈敏度高,，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3,、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測(cè)范圍廣,，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本,。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù),，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好,。以3個(gè)重復(fù)為例，加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù),，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況,。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來(lái)研究基因表達(dá)量,、基因功能,、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測(cè)新的轉(zhuǎn)錄本等等,。轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）,，是指特定生長(zhǎng)階段某組織或細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，狹義上指所有mRNA的匯合,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合,。

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù),？全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù)，一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù),，然后分別上機(jī)測(cè)序,。小RNA長(zhǎng)度較短，一般小于50nt,，采用測(cè)序策略為50SE,。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上,，可達(dá)幾萬(wàn),，通過(guò)片段化構(gòu)建150PE測(cè)序文庫(kù)。然后小RNA文庫(kù)可以獲得miRNA序列信息,，去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA,、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,。杭州外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果的影響因素？杭州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序有什么樣的樣品要求,？（1）樣品純度要求：OD值應(yīng)在1.8至2.2之間,；電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。（2）樣品濃度：totalRNA濃度不低于400ng/μg,。（3）totalRNA樣品請(qǐng)置于-20℃保存,；請(qǐng)?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積,、制備時(shí)間,、溶劑名稱及物種來(lái)源。請(qǐng)同時(shí)附上QC數(shù)據(jù),，包括電泳膠圖,、分光光度或Nanodrop儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)。（4）樣品請(qǐng)置于1.5ml管中,，管上注明樣品名稱,、濃度以及制備時(shí)間，管口使用Parafilm封口,。建議使用干冰運(yùn)輸,，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運(yùn)輸過(guò)程中樣品降解的可能性,。杭州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析