RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥測(cè)序（wts）,。RNA-seq包含三個(gè)步驟：測(cè)序文庫(kù)的建立,，在特定平臺(tái)中測(cè)序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法,。采用NGS技術(shù)對(duì)從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測(cè)序,。簡(jiǎn)而言之，就是對(duì)剪切變體,、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析,。RNA-Seq原理：在對(duì)基因組測(cè)序和分析研究的同時(shí),，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況,，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,，精確地識(shí)別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN），進(jìn)一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)靈敏度高,，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。哈爾濱靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期,、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序,，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息,，還有微生物的基因表達(dá)信息,。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物,，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境,、疾病、動(dòng)植物等關(guān)系的機(jī)制,。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類,、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門,。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件,，能否搭建一套完整、快速,、高效,、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline,，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行,。廣東單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析,。一般來說在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控,，mapping，差異基因表達(dá)分析,，SNV分析等）,。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況,。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下,，不同條件下的表達(dá)變化,。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系,。RNA-Seq,，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序,，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝,，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：在早期,，由于測(cè)序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究,。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能,，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ),。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù),、大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù),、RNA測(cè)序技術(shù)其中,，Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來的先驅(qū)技術(shù)，SAGE,、MPSS和RNA-sea是高通量測(cè)序條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究有助于了解特定生命過程中相關(guān)基因的整體表達(dá)情況,，進(jìn)而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡(luò)及其調(diào)控機(jī)理。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè),。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì)：（1）可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題,；（2）靈敏度高,，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,，無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針,，因此無(wú)需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,，同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,，UTR區(qū)域,。（4）檢測(cè)范圍廣，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍,，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。濟(jì)南靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè),。哈爾濱靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域,、操縱子及多順反子,，如果按照無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大,，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理,，不同的研究目標(biāo),，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能,。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn),，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,，注釋信息太雜亂,，怎么挑選目標(biāo)基因？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象,；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因,，不要局限在自己研究的物種上,。哈爾濱靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容