蛋白質(zhì)組學(xué)研究這樣做:蛋白質(zhì)組與基因組相對(duì)應(yīng),,也是一個(gè)整體的概念,隨著基因組學(xué)研究的不斷深入,蛋白質(zhì)組學(xué)已逐漸成為研究熱點(diǎn),,對(duì)蛋白組學(xué)的研究可以使我們更容易接近生命的機(jī)理本質(zhì),,但探究成千上萬(wàn)的蛋白質(zhì)特性也是一個(gè)重大的技術(shù)挑戰(zhàn)。蛋白質(zhì)組(Proteome)指的是某一時(shí)刻或某一狀態(tài)基因組表達(dá)的所有相應(yīng)的蛋白,,即細(xì)胞,、組織或機(jī)體全部蛋白質(zhì)的存在及活動(dòng)形式,其是一個(gè)動(dòng)態(tài)概念,,它是在組織,、細(xì)胞的整體蛋白質(zhì)水平上,探索蛋白質(zhì)作用模式,、功能機(jī)理,、調(diào)節(jié)控制以及蛋白質(zhì)群體內(nèi)的相互關(guān)系、從而獲得生命活動(dòng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的全方面而深入的認(rèn)識(shí),,以揭示生命活動(dòng)的基本規(guī)律,。蛋白質(zhì)組研究技術(shù)在研究對(duì)象上,覆蓋了原核微生物,、真核微生物,、植物和動(dòng)物等范圍。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究
PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué):是一種基于Orbitrap為表示的高分辨,、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù),,首先利用四級(jí)桿質(zhì)量分析器的選擇能力,用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子,,隨后在collisioncell中對(duì)母離子進(jìn)行碎裂,,然后利用Orbitrap分析器在二級(jí)質(zhì)譜中檢測(cè)所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息。這樣能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì),、目標(biāo)肽段(如發(fā)生翻譯后修飾的肽段)進(jìn)行選擇性檢測(cè),,即可對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行相對(duì)(一定)定量。隨著質(zhì)譜,、系統(tǒng)生物學(xué),、生物信息學(xué)等相關(guān)學(xué)科的發(fā)展,我認(rèn)為今后我們會(huì)更多地在現(xiàn)實(shí)生活中見(jiàn)到蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)的應(yīng)用,。如定量胰島素,、鑒定血紅蛋白氨基酸突變(鐮刀形紅細(xì)胞癥)、糖化血紅蛋白比例測(cè)定等,。從測(cè)試體量估計(jì),,應(yīng)該遠(yuǎn)小于1%的ELISA測(cè)試量。武漢醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)價(jià)格定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要分為標(biāo)記(label)和非標(biāo)記(label free)定量策略,。
Labelfree非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)特點(diǎn):(1)不需要標(biāo)記處理,,操作簡(jiǎn)單,,成本低、實(shí)驗(yàn)周期短,;(2)每個(gè)樣品單獨(dú)處理,、上機(jī);(3)可以做任意樣本的總蛋白質(zhì)差異定量,,樣品類(lèi)型不受限制,;(4)對(duì)單個(gè)樣品的蛋白總量要求相對(duì)較低,對(duì)于組織本身蛋白量不高,,可以選擇Label-Free,,適用于一些難收集樣品;(5)定性沒(méi)有問(wèn)題,,但是定量的準(zhǔn)確性較標(biāo)記定量稍差,,會(huì)受到質(zhì)譜穩(wěn)定性等因素的影響,;(6)適合于大樣本量的定量比較(大于24個(gè)樣本),。蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用:蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成,、定位,、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)。
iTRAQ/TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組介紹:iTRAQ/TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組研究是對(duì)一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進(jìn)行標(biāo)記,,利用標(biāo)記試劑中的二級(jí)報(bào)告離子來(lái)對(duì)蛋白進(jìn)行精確鑒定和定量,。技術(shù)優(yōu)勢(shì):1、適用范圍廣:可檢測(cè)到的蛋白除了胞漿蛋白外,,還有線粒體蛋白,、膜蛋白。也能對(duì)任何類(lèi)型的蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定,,包括高分子量,,酸性,堿性蛋白質(zhì),;2,、高通量:一次可以實(shí)現(xiàn)多個(gè)樣品的定性定量分析,特別適用于采用多種處理方式或來(lái)自多個(gè)處理時(shí)間的樣本的差異蛋白分析,。Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)處理步驟簡(jiǎn)單,,成本低。
蛋白質(zhì)組學(xué)描述: 蛋白質(zhì)組(proteome):一種細(xì)胞,、組織或生物體完整基因組所對(duì)應(yīng)的全套蛋白質(zhì),。蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics):研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成,、變化,、定位及相互作用規(guī)律的科學(xué),。蛋白質(zhì)譜技術(shù): 蛋白質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)鑒定分析的主要支撐技術(shù),它通過(guò)測(cè)定樣品離子的質(zhì)荷比(m/z) 來(lái)進(jìn)行成分和結(jié)構(gòu)分析,。高靈敏度,,精確度;能同時(shí)提供樣品的精確分子量和結(jié)構(gòu)信息,;既可用于定性分析,,也可用于定量分析。標(biāo)記定量技術(shù)原理: 在一級(jí)質(zhì)譜圖中,,任何一種iTRAQ/TMT試劑標(biāo)記不同樣本中的同一蛋白質(zhì)表現(xiàn)為相同的質(zhì)荷比,; 在二級(jí)質(zhì)譜圖中,報(bào)告離子表現(xiàn)為不同質(zhì)荷比的峰,,因此根據(jù)波峰的高度及面積,,可以鑒定出蛋白質(zhì)和分析出同一蛋白質(zhì)不同處理的定量信息。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存,。南京PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)價(jià)格
蛋白質(zhì)組學(xué)的分析主要指蛋白的生信分析,,依賴(lài)于數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究
常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué):Labelfree多肽組學(xué):顧名思義,,就是不使用任何標(biāo)記方法,,直接對(duì)肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實(shí)驗(yàn)流程簡(jiǎn)單,,只需要對(duì)蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī),。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計(jì)數(shù)(Spectralcount),常用的是峰面積,。不過(guò),,由于質(zhì)譜采集時(shí)只選取topN的母離子進(jìn)行二級(jí)碎裂和MS2檢測(cè),所以會(huì)丟失一些豐度較低的肽段信息,,缺失值比較多,。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué):TMT全稱(chēng)是TandemMassTag,是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑,,普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中,。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽,,與肽段的氨基發(fā)生共價(jià)結(jié)合反應(yīng),,可實(shí)現(xiàn)同時(shí)對(duì)6個(gè)/10個(gè)/16個(gè)不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。(目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù)),。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究