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代謝產(chǎn)物是基因表達的產(chǎn)物,,在代謝酶的作用下生成,。雖然與基因或蛋白質(zhì)相比,,代謝產(chǎn)物較小,,但是不能形成代謝產(chǎn)物的細胞是死細胞,,因此不能小看代謝產(chǎn)物的重要性,。研究人員通過對機體代謝產(chǎn)物的深入研究,,可以判斷機體是否處于正常狀態(tài),,而對基因和蛋白質(zhì)的研究都無法得出這樣的結(jié)論,。事實上,代謝組學(xué)研究已經(jīng)能診斷出一些代謝類疾病,,如糖尿病,、肥胖癥,,代謝綜合癥。目前,,已經(jīng)研究清楚的普通代謝途徑包括三羧酸循環(huán)(TCA),,糖酵解,花生四烯酸 (AA)/炎癥途徑,。代謝組學(xué)是研究關(guān)于生物體被擾動后其代謝產(chǎn)物種類,、數(shù)量及其變化規(guī)律的科學(xué)。上海LC-MS/MS非靶向代謝組學(xué)方法
代謝組學(xué)適用范圍:1,、體液:血清,、血漿、尿液,、唾液,、膝蓋滑液、腦脊液,、卵泡液,、牛奶、痰液,、舌苔液,、膽汁等。2,、組織:各種動物組織和植物組織,。3、細胞:細胞及細胞培養(yǎng)液等,。3,、微生物:大腸桿菌、鏈球菌等,。4,、其他:糞便、食糜,、腸道內(nèi)容物等,。應(yīng)用領(lǐng)域:1、非靶向代謝物組學(xué)結(jié)果的驗證,。2,、代謝相關(guān)生理、病理研究,。3,、發(fā)酵工藝研究。4,、食品科學(xué)與營養(yǎng)學(xué)研究,。非靶向代謝組學(xué)分析內(nèi)容:非靶向代謝組學(xué)分析內(nèi)容大致包括數(shù)據(jù)的預(yù)處理(包括質(zhì)譜峰提取和質(zhì)譜峰校正)-數(shù)據(jù)質(zhì)控(包括t-檢驗,、主成分分析等)--差異代謝物分析(包括聚類分析、通路注釋分析,、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析等),。動物靶向代謝組學(xué)服務(wù)代謝組學(xué)是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分。
代謝組學(xué)細胞樣本收集:懸浮細胞:1)連同培養(yǎng)基轉(zhuǎn)移到1.5 mL的進口離心管中,。2)低速離心5 min(低于3000 rpm),,使細胞沉淀于離心管的底部(1*107個細胞為宜)。3)倒掉培養(yǎng)基(盡量倒干凈),,用預(yù)冷的PBS反復(fù)沖洗2 ~ 3次,,低速離心5 min,棄上清,。4)標記離心管,,將離心管的尖的一端插入液氮中,淬滅細胞沉淀1 min,,-80 ℃凍存,,干冰寄送。注意事項:1. 培養(yǎng)基傾倒時盡量倒干凈,,可使用濾紙將殘留培養(yǎng)液吸凈,;2. 甲醇/水請使用色譜純及以上規(guī)格;3. 液氮淬滅細胞時,,請小心避免離心管破碎導(dǎo)致樣本受損;4. 建議細胞樣本在進行培養(yǎng)時多準備樣本,,以備后續(xù)使用。
代謝組學(xué)的研究對象與層次有哪些,?一般來說,,代謝組學(xué)關(guān)注的對象是分子量在1000以下的小分子化合物。根據(jù)研究的對象和目的不同,,科學(xué)家將生物體系的代謝產(chǎn)物分析分為4個層次:代謝物靶標分析:某一個或幾個特定組分的定性和定量分析,,如某一類結(jié)構(gòu)、性質(zhì)相關(guān)的化合物(氨基酸,、有機酸,、順二醇類)或者某一代謝途徑的所有中間產(chǎn)物或多條代謝途徑的標志性組分。代謝物指紋分析:同時對多個代謝物進行分析,,不分離鑒定具體單一組分,。代謝輪廓分析:限定條件下對生物體內(nèi)特定組織內(nèi)的代謝產(chǎn)物的快速定性和半定量分析。代謝組分析:對生物體或體內(nèi)某一特定組織所包含的所有代謝物的定量分析,,并研究該代謝物組在外界干預(yù)或病理生理條件下的動態(tài)變化規(guī)律。代謝組學(xué)是在基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)之后新近發(fā)展起來的一門學(xué)科,。
GC-MS非靶向代謝組學(xué)醫(yī)學(xué)分析生物樣本為何要衍生化處理,?有哪些衍生化的方法,?GC的流動相為氣體(通常為高純氦),這就要求被分析物必須能夠氣化,,而生物樣本中很多內(nèi)源性代謝物都含有極性基團,,具有沸點高、不易氣化特點,。衍生化能夠降低這些代謝物的沸點,,增加它們的熱穩(wěn)定性,以便分析能夠順利進行,。衍生化方法及試劑種類繁多,,根據(jù)不同的分析目標,需選擇合適的衍生化方法,。如分析脂肪酸,,我們可以采用甲酯化衍生。在GC/MS代謝平臺上,,比較常用的衍生化方法是硅烷化衍生,,因為它的廣譜高效。在進行硅烷化衍生之前,,還需添加甲氧胺吡啶溶液,,以封閉羰基(針對α-酮酸和糖類,保護作用),,減少衍生化副產(chǎn)物的生成,。與基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)相比, 代謝組學(xué)的研究側(cè)重于相關(guān)特定組分的共性,。動物靶向代謝組學(xué)服務(wù)
代謝組學(xué)技術(shù)可應(yīng)用于藥物毒理學(xué),。上海LC-MS/MS非靶向代謝組學(xué)方法
選擇代謝組學(xué)作為科研技術(shù)手段的優(yōu)勢有哪些?1,、代謝組學(xué)的研究處于生物信息流的中游,,介于基因、蛋白質(zhì)和細胞,、組織之間,,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。2,、小分子的產(chǎn)生和代謝是基因表達的下游產(chǎn)物,,生物體液的代謝產(chǎn)物分析能夠更直接,更準確的反映生物體的病理生理狀態(tài),。3,、代謝物的種類少,大約在103個數(shù)量級,要遠小于基因和蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù),,物質(zhì)的分子結(jié)構(gòu)要簡單得多,,分析起來更簡單明了。4,、代謝組學(xué)的代謝物信息庫簡單,,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數(shù)據(jù)庫那么復(fù)雜。5,、基因和蛋白質(zhì)表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,,從而使檢測更容易。6,、代謝產(chǎn)物在各個生物體系中都是類似的,,所以代謝組學(xué)研究中采用的技術(shù)更容易在各個領(lǐng)域中通用,也更容易被人接受,。上海LC-MS/MS非靶向代謝組學(xué)方法