定量蛋白質(zhì)組學分析(QuantitativeProteomics)是對一個基因組表達的全部蛋白質(zhì)或一個復雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進行精確鑒定和定量,。可用于篩選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達蛋白,,結合生物信息學揭示細胞生理病理等功能,,同時也可對某些關鍵蛋白進行定性和定量分析,。目前定量蛋白質(zhì)組學技術常見標記(Label)和非標記的(LabelFree)定量策略,。定量蛋白質(zhì)組學技術常見的幾類主要包括:LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析,、MRM/PRM定量蛋白組學分析,、SILAC/Dimethyl標記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學,、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學分析,。對人類而言,蛋白質(zhì)組學的研究終究要服務于人類的健康,。深圳定量乙?;鞍踪|(zhì)組學技術
LabelFree(非標記蛋白質(zhì)組學技術):在非標記策略的定量模型中,主要涉及兩種不同的算法:其一,,以肽段的色譜峰積分面積為基礎,,通過比較一對生物樣品中相對應到蛋白質(zhì)酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度;其二,,以肽段被質(zhì)譜檢測的計數(shù)為基礎,,通過歸一化來表征被檢測蛋白質(zhì)的相對豐度。非標記技術認為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測的頻率(Counts)與其在混合物中的豐度成正相關,,因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測的計數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度,,通過適當?shù)臄?shù)學公式可以將質(zhì)譜檢測計數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質(zhì)進行定量,。廣東DIA定量蛋白質(zhì)組學分析方法非標記定量蛋白質(zhì)組學技術可以對不同物種和不同的樣本類型可以同時開展蛋白定量分析,。
蛋白質(zhì)組研究:蛋白質(zhì)組研究是指系統(tǒng)研究在某一特定時間、特定條件下,,某一種特定組織中的所有蛋白質(zhì),。對蛋白質(zhì)的研究也不只是局限于蛋白質(zhì)的氨基酸序列,而是包括了蛋白質(zhì)的表達量,,蛋白質(zhì)活性,,被修飾的狀況以及和其他蛋白質(zhì)或分子的相互作用情況,、亞細胞定位和三維結構。這些信息對于全方面了解復雜的生物系統(tǒng)有著重要的意義,。因此,,蛋白質(zhì)組學研究目標是大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究蛋白質(zhì)的特性,,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復雜的生命活動的分子網(wǎng)絡,。
蛋白質(zhì)組學與基因組學的差異:蛋白質(zhì)組和基因組(genome)在概念上有相關性,某一個蛋白質(zhì)組的蛋白質(zhì)是由其基因組所編碼的,,然而蛋白質(zhì)組學和基因組學在研究對象和研究方法上有很大的區(qū)別,。基因組在所有的細胞中幾乎都是完整的,,與之不同,,蛋白質(zhì)組具有很高的細胞和組織特異性,不同的細胞組織表達不同的蛋白質(zhì)組,。蛋白質(zhì)組的復雜性也遠遠高于基因組,,這是因為一個基因≠一個轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物≠一個蛋白質(zhì)。比如據(jù)估計人的基因組由30000個基因組成,,經(jīng)mRNA剪切和蛋白質(zhì)翻譯后修飾將產(chǎn)生20萬~200萬個蛋白質(zhì),。由于不同的轉(zhuǎn)錄起始和mRNA剪切使同一基因產(chǎn)生了不同的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。同樣由于不同的翻譯起始,,一個mRNA可以翻譯成不同的蛋白質(zhì),。蛋白質(zhì)組學的分析主要指蛋白的生信分析,依賴于數(shù)據(jù)庫的建立,。
蛋白質(zhì)組學研究策略有什么,?“自頂向下”策略并不依賴于蛋白酶的酶切,而是直接鑒定完整蛋白質(zhì),,在翻譯后修飾和蛋白質(zhì)同素異構體鑒定方面有一些潛在的優(yōu)勢,。可是該策略的缺陷是蛋白質(zhì)在氣相中分離,、電離及碎裂都十分困難,。而鳥管法蛋白質(zhì)組學由于將蛋白質(zhì)酶解成肽段,使其在氣相中更容易被分離,、電離和碎裂,;所以鳥管法蛋白質(zhì)組學在蛋白質(zhì)組學研究中得到了比較普遍的應用?!白灾邢蛳隆辈呗砸惨蕾囉诘鞍酌傅拿盖?,但是由于采用了另外的酶,比如OmpT,,只能酶切(Lys/Arg-Lys/Arg),,因此酶切之后的分子量較大,,更利于后續(xù)的蛋白組裝環(huán)節(jié)。蛋白質(zhì)組學技術的本質(zhì)(從分析化學角度來看),,就是對蛋白質(zhì)的定性定量分析,。貴州外泌體蛋白質(zhì)組學費用
蛋白質(zhì)組研究技術涉及到各種重要的生物學現(xiàn)象,如信號轉(zhuǎn)導,、細胞分化,、蛋白質(zhì)折疊等等。深圳定量乙?;鞍踪|(zhì)組學技術
定量蛋白質(zhì)組學的方法學背景和意義:從生命活動的直接執(zhí)行者——蛋白質(zhì)的角度研究生命現(xiàn)象和規(guī)律(特別是疾病防治和病理研究)已成為研究生命科學的主要手段,。而這些研究往往離不開對細胞、組織中含有蛋白質(zhì)種類和表達量的研究,。對處不同時期,、不同條件下蛋白質(zhì)表達水平變化的研究,識別功能模塊和路徑,,監(jiān)控疾病的生物標志物,,這些研究都需要對蛋白質(zhì)進行鑒定和定量,。生物質(zhì)譜技術的出現(xiàn)和不斷成熟為蛋白質(zhì)差異表達分析提供了更可靠,、動態(tài)范圍更廣的研究手段?;谫|(zhì)譜技術,,科學家們不斷開發(fā)出新的定量蛋白質(zhì)組學方法,來了解細胞,、組織或生物體的整體蛋白質(zhì)動力學,。深圳定量乙酰化蛋白質(zhì)組學技術