全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制,，因此在進(jìn)行測序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉(zhuǎn)錄本,，這就會造成一定的錯(cuò)誤比例,，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異,。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1、全方面鑒定可變剪切,；2,、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3,、有效改善基因組注釋,；4、鑒定更多的LncRNA,；5,、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù),，因而其成本依然較高,，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān),，因此,，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號,。江蘇RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析,。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping,，差異基因表達(dá)分析,，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景,。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,，同一組織：研究基因在不同處理下,，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織,，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系,。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)：基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊?xì)胞特異,，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達(dá)模式，用于診斷疾病和預(yù)測等,?；蚓W(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能，基因間的相互作用,。南京RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達(dá)差異的研究,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)含義：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程是基因表達(dá)的第一步,，也是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié),。所謂基因表達(dá)，是指基因攜帶的遺傳信息轉(zhuǎn)變?yōu)榭杀鎰e的表型的整個(gè)過程,。與基因組不同的是,，轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時(shí)間和空間的限定。同一細(xì)胞在不同的生長時(shí)期及生長環(huán)境下,，其基因表達(dá)情況是不完全相同的,。通常，同一種組織表達(dá)幾乎相同的一套基因以區(qū)別于其他組織,，如腦組織或心肌組織等分別只表達(dá)全部基因中不同的30%而顯示出組織的特異性,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)：隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉ο蟮幕蚪M學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics),。意義：1．轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制.2．通過基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3．轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個(gè)例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個(gè)亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤,通過轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)譜的建立,可以詳細(xì)描繪出患者的生存期以及對藥物的反應(yīng)等,。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：單細(xì)胞的分離和捕獲：溫和分離,，稀有細(xì)胞,。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增：RNA測序需要0.1-1.0ug total RNA，捕獲效率10%（5-**NA測序需要1ng DNA,，極限稀釋加移液分離單細(xì)胞,；顯微操作分選單細(xì)胞；流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞,；激光切割實(shí)體組織,；微流控技術(shù)；磁珠捕獲,，主要用于CTC,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA,，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值,。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA,，然后建庫測序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值,。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,，且存在異質(zhì)性。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合,。濟(jì)南外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

廣義轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子,。江蘇RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序流程：1、樣品RNA準(zhǔn)備,。2,、測序文庫構(gòu)建。3,、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4,、高通量測序(Illumina),。5、數(shù)據(jù)分析,。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1,、同一物種在發(fā)育過程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異；2,、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因,；3、不同的外界條件處理,，如細(xì)菌,、病毒、光照,、紫外,、干旱、高溫,、高鹽脅迫,，對基因表達(dá)的影響；4,、同一個(gè)體,，不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡而言之,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。江蘇RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法