代謝組學究竟是一門什么樣的研究方向?首先定義什么是代謝組學,。簡單的說就是研究生物體對內(nèi)外刺激的整體代謝應(yīng)答規(guī)律,。那么為什么代謝組學是基因組,,轉(zhuǎn)錄組,,蛋白質(zhì)組的下游,。我們研究它到底有什么意義。中心法則告訴我們了遺傳信息的流向,,的執(zhí)行者蛋白質(zhì)中很多酶參與了體內(nèi)的代謝過程,。基因測序數(shù)量太大,,而且基因水平解釋問題往往很吃力,。因為基因的調(diào)控和生物學事件之間隔了一個很漫長的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程。蛋白同理,,一是蛋白種類巨大,,二是蛋白組學發(fā)展進入瓶頸;發(fā)展代謝組是因為代謝物種類只有不到1w種,,建立它的差異分析更加簡單,,同時在價格等方面更有推廣的意義。代謝組學技術(shù)可應(yīng)用于疾病早期診斷,。湖北動物靶向代謝組學領(lǐng)域
選擇代謝組學作為科研技術(shù)手段的優(yōu)勢有哪些,?1、代謝組學的研究處于生物信息流的中游,,介于基因,、蛋白質(zhì)和細胞、組織之間,,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用,。2、小分子的產(chǎn)生和代謝是基因表達的下游產(chǎn)物,,生物體液的代謝產(chǎn)物分析能夠更直接,,更準確的反映生物體的病理生理狀態(tài)。3,、代謝物的種類少,,大約在103個數(shù)量級,要遠小于基因和蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù),,物質(zhì)的分子結(jié)構(gòu)要簡單得多,,分析起來更簡單明了。4,、代謝組學的代謝物信息庫簡單,,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數(shù)據(jù)庫那么復(fù)雜。5,、基因和蛋白質(zhì)表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,,從而使檢測更容易,。6、代謝產(chǎn)物在各個生物體系中都是類似的,,所以代謝組學研究中采用的技術(shù)更容易在各個領(lǐng)域中通用,,也更容易被人接受。湖北動物靶向代謝組學領(lǐng)域代謝組學是系統(tǒng)生物學的重要組成部分,。
代謝組學比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法:代謝組學分析數(shù)據(jù)用于統(tǒng)計分析時,,數(shù)據(jù)集通常為一個N × K的矩陣(X矩陣),N表示N個樣本數(shù),,每一行表示一個樣品,, K表示K個變量,每一列表示一個變量,,在代謝組學中變量通常是指代謝物含量,。單變量分析方法只分別分析單個變量,不考慮多個變量的相互作用與內(nèi)在聯(lián)系,。具有簡單性,、易應(yīng)用性和可解釋性。但是無法基于整體數(shù)據(jù)對所測樣品的優(yōu)劣,、差異進行綜合評價和分析,。差異倍數(shù)變化大小(Fold Change,,F(xiàn)C)表示實驗組與對照組的含量比值,,可以快速考察各個代謝物在不同組別之間的含量變化大小。
GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物,?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍,。GC/MS能檢測到有機酸、氨基酸,、單糖,、糖醇、胺類,、脂肪酸,、吲哚、單甘油酯,、核苷,、二糖、生育酚,、甾醇和膽汁酸等代謝物,。如何提高定性準確度?GC/MS的定性有雙重標準,,一是保留指數(shù),,二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity),。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,,能量較強且穩(wěn)定,,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子,。因此,,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,,將儀器得到的實際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(如NIST庫)進行比對后,我們將會得到一個叫相似度的指標,。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,,軟件才會給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標準品質(zhì)譜信息進行完全比對定性,,也就是說只有經(jīng)過標準品比對,,代謝物才是被100%定性。代謝組學的代謝產(chǎn)物是基因表達的產(chǎn)物,。
選擇代謝組學作為科研技術(shù)手段的優(yōu)勢有哪些,?代謝組學的研究處于生物信息流的中游,介于基因,、蛋白質(zhì)和細胞,、組織之間,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用,。小分子的產(chǎn)生和代謝是基因表達的下游產(chǎn)物,,生物體液的代謝產(chǎn)物分析能夠更直接,更準確的反映生物體的病理生理狀態(tài),。代謝物的種類少,,大約在103個數(shù)量級,要遠小于基因和蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù),,物質(zhì)的分子結(jié)構(gòu)要簡單得多,,分析起來更簡單明了。代謝組學的代謝物信息庫簡單,,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數(shù)據(jù)庫那么復(fù)雜,。基因和蛋白質(zhì)表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,,從而使檢測更容易,。代謝產(chǎn)物在各個生物體系中都是類似的,所以代謝組學研究中采用的技術(shù)更容易在各個領(lǐng)域中通用,,也更容易被人接受,。代謝組學是在基因組學和蛋白質(zhì)組學之后新近發(fā)展起來的一門學科,。山東LC-MS/MS非靶向脂質(zhì)組學研究內(nèi)容
代謝組學可與生物表型變化建立直接相關(guān)性。湖北動物靶向代謝組學領(lǐng)域
代謝組學的研究領(lǐng)域有哪些,?1,、疾病機制研究。2,、疾病診斷與防治,。3、新藥篩選和開發(fā),。4,、藥物作用機制的研究。5,、藥物毒性評價,。6、植物的細胞代謝組學研究,。7,、微生物代謝組學研究。代謝組能夠檢測到的代謝物含量是多少,?不同檢測平臺的靈敏度不一樣,,靈敏度比較高,可達到fM級,。另外,,相同含量的不同物質(zhì),由于自身化學性質(zhì)不同,,質(zhì)譜的離子化效率,、信號響應(yīng)強度會差異很大。物質(zhì)的檢測靈敏度跟自身的化學性質(zhì)有關(guān),,化學性質(zhì)的影響主要表現(xiàn)在離子化效率和質(zhì)譜碎裂行為兩方面,。因此,相同含量的不同物質(zhì),,可能一個能檢測出來,,另一個檢測不出來。湖北動物靶向代謝組學領(lǐng)域