單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念:普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA,,獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA,,然后建庫(kù)測(cè)序,,獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值,。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,,且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類(lèi)型的細(xì)胞,,尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織進(jìn)行測(cè)序時(shí),它們本身就是由不同類(lèi)型的細(xì)胞組成的,,而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來(lái)測(cè)序,,相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類(lèi)型的差異,,展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài),所以說(shuō)單細(xì)胞從這個(gè)來(lái)看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè),,不是用一堆細(xì)胞測(cè),。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測(cè)多少錢(qián)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實(shí)用價(jià)值嗎?二者實(shí)用價(jià)值非常大,,尤其是對(duì)有瘤的患者的醫(yī)治,,簡(jiǎn)直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式,。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價(jià)值。例如研究某個(gè)基因功能的時(shí)候,可以構(gòu)建該基因的敲除或者過(guò)表達(dá)生物,,然后對(duì)比野生型進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達(dá)網(wǎng)絡(luò),。此外在醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用也很大,例如在有的瘤病人中進(jìn)行基因組學(xué)測(cè)序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動(dòng)基因,,然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動(dòng)基因研究靶向藥物,,從而推動(dòng)瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治,!浙江宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),,轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針,。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域:農(nóng)林領(lǐng)域:生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,,抗逆脅迫機(jī)制,,育種,物種保護(hù)研究等,;畜牧業(yè):生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,,致病機(jī)理研究,肉類(lèi)及乳制品品質(zhì)研究等,;海洋水產(chǎn):生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,,漁業(yè)資源,漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等,;微生物:致病機(jī)理,,耐藥機(jī)制,病原體-宿主相互作用研究等,;生物醫(yī)藥:生物標(biāo)志物,,疾病機(jī)理機(jī)制,疾病分型,,藥物開(kāi)發(fā),個(gè)性化醫(yī)治等,;環(huán)境科學(xué):發(fā)酵過(guò)程優(yōu)化,,生物燃料生產(chǎn),,環(huán)境危害風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估研究等,;食品科學(xué):食品儲(chǔ)藏及加工條件優(yōu)化,,食品組分及品質(zhì)鑒定,功能性食品開(kāi)發(fā),,食品安全監(jiān)檢測(cè)等,。
轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合,,表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài),。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類(lèi),、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu),、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平,。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者,,蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì),。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行研究,,可以從整體上解釋生物學(xué)問(wèn)題,,探究生物體生理和疾病機(jī)理等,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究:利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測(cè)瘤細(xì)胞惡化過(guò)程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括:mRNA、ncRNA,、rRNA等。
轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq):轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,,包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)主要通過(guò)高通量測(cè)序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來(lái)的mRNA的表達(dá)量,,進(jìn)而對(duì)相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實(shí)現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路,。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片,不過(guò)由于高通量測(cè)序成本的下降,,RNA-seq的運(yùn)用愈來(lái)愈普遍,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。廣州靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜分析
轉(zhuǎn)錄組學(xué)即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測(cè)多少錢(qián)
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序:由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制,,因此在進(jìn)行測(cè)序之前,,需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,之后再通過(guò)與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本,,這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例,,同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異,。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì):1,、全方面鑒定可變剪切,;2、發(fā)現(xiàn)更多新基因,;3,、有效改善基因組注釋?zhuān)?、鑒定更多的LncRNA,;5,、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路:由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù),,因而其成本依然較高,,如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組,通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān),,因此,,全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。北京全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測(cè)多少錢(qián)
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